Заложена 26 июля 1937 года на заводе № 112 (Красное Сормово) в Горьком под строительным номером С.249. 20 сентября «М-97» была спущена на воду, 10 октября 1939 года подводная лодка вступила в строй, после чего она вместе с «М-96» была поставлена в плавдок для транспортировки на Балтику, но осенью 1939 отправка кораблей не состоялась, и субмарины остались зимовать на Волге, хотя уже 12 ноября 1939 года «М-97» формально вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота, но на Балтику подводная лодка прибыла только весной 1940 года.

    22 июня 1941 года «М-97» встретила под командованием капитан-лейтенанта Мыльникова Александра Ивановича, который командовал кораблем с октября 1939 года в составе 8-го дивизиона 2-й бригады ПЛ КБФ. Субмарина находилась в текущем ремонте в Таллине и числилась в первой линии. Уже 26 июня при пробном выходе после ремонта подводная лодка подверглась безуспешной атаке вражеского самолета.

    4 июля подводная лодка перешла в Палдиски, откуда вечером 6 июля совместно с «М-103» в сопровождении двух БТЩ и двух СКА вышла в дозор к острову Утё (позиция № 7). В ночь на 7 июля на меридиане маяка Тахкуна в точке 59°09'5 с.ш.; 22°37'5 в.д., сопровождающий субмарину «Т-216» подорвался на мине (время гибели корабля у М. Морозова 23.25; у А. Платонова 12.35). Находившийся на борту тральщика командир 8-го дивизиона ПЛ капитан 3 ранга Е.Г. Юнаков, обеспечивающий развертывание подводных лодок дивизиона, получил тяжелое ранение, но был подобран из воды сторожевым катером. Потеряв лидера эскорта (второй тральщик, «БТЩ-211», встретив возвращающеюся с позиции «М-102», повернул обратно), подводным лодкам пришлось вернуться в Палдиски, откуда «М-97» перешла в Триги, по пути подвергаясь неоднократным атакам вражеской авиации.

    Утром 8 июля «М-97» вновь вышла на позицию. Днем, подвергшись атаке самолета противника, подводная лодка погрузилась, и далее продолжила движение в подводном положении. 10 июля субмарина была в указанном районе (у острова Утё, позиция № 7). Возможность отличиться «М-97» представилась около полудня 11 июля, когда в перископе командир советской субмарины увидел «челнок» «U-144» (Мыльников оценил цель как подводную лодку типа «Ветехинен»). Условия для атаки были идеальные (курс цели 45°, свой курс – 0°, дистанция 6 кбт, которая в ходе наблюдения за целью сократилась до 2 кбт, ход цели 2-3 узла. К сожалению, командир забыл дать команду о подготовке торпедных аппаратов к залпу, и момент для пуска торпед был упущен. Спустя несколько часов роли поменялись, и командир «U-144» выпустил одну торпеду по «М-97», правда, так же неудачно. В ночь на 14 июля подводные лодки встретились вновь. На этот раз в качестве потенциальной цели снова выступала «U-144», но командир «М-97» посчитал условия для проведения атаки невыполнимыми, и команды «Пли» не последовало. 14 июля «М-97» благополучно вернулась в Триги, а 8 августа перешла в Кронштадт.

    В следующий боевой поход с задачей разведки в районе Таллина «М-97» вышла в ночь на 12 сентября. За все время нахождения на позиции встреч с противником подводная лодка не имела и в ночь на 19 сентября начала возвращение в базу. На переходе субмарина была трижды атакована финским самолетом «Бристоль-Бульдог» и легко повреждена пулеметным огнем. На исходе 20 сентября «М-97» ошвартовалась в Кронштадте.

    Вечером 17 октября 1941 года «М-97» снова вышла в море для действий на коммуникации Таллин-Хельсинки. Еще на Кронштадском рейде субмарина столкнулась с буксирным катером и повредила форштевень, что не помешало ей продолжить поход. Проникнув в Таллинскую бухту, утром 24 октября у Екаринентальского створа «М-97» атакует судно противника, и хотя на субмарине слышали взрыв, атакованное «М-97» немецкое судно «Хохенхёрн» благополучно прибыло в место назначения. В этот же день подводная лодка имела ещё один контакт с противником, но из-за большой дистанции не атаковала. Последнюю оставшуюся торпеду «М-97» выпустила днем 25 октября в 7 милях южнее плавучего маяка Хельсинки. Атакованный караван судов под прикрытием авиации потерь не понес. В связи с израсходованием боезапаса «М-97» 27 октября вернулась в Кронштадт, а в ноябре 1941 года перешла в Ленинград для зимней стоянки и ремонта.