Заложена под строительным номером 1046 на заводе № 200 (им. 61 коммунара) в Николаеве 25 марта 1935 года. 20 ноября 1935 года подводная лодка спущена на воду и 17 октября 1936 года вошла в состав Черноморского флота.

    Первый день Великой Отечественной войны «М-55» встретила в составе Отдельного учебного дивизиона подводных лодок в ремонте в Севастополе. Командовал субмариной старший лейтенант (впоследствии капитан-лейтенант) Ефанов Сергей Иванович. По плану ремонта ввод корабля в строй намечался 15 июля, но начало войны не дало завершить весь объем работ. 3 ноября 1941 года «М-55» вступила в строй и вышла к месту своего постоянного базирования в Новороссийск.

    14 января 1942 года подводная лодка вышла в свой первый боевой поход с задачей разведки и навигационного обеспечения высадки морского десанта в районе Судака. В ночь на 16 января «М-55» в 75 кбт от берега встала на якорь, выполняя роль плавучего маяка. Ориентируясь на огонь подлодки, эсминцы «Сообразительный» и «Бодрый» при огневой поддержке линкора «Парижская коммуна», крейсера «Красный Крым» и эсминцев высадили в бухте Новый Свет бойцов и командиров 226-го горнострелкового полка. Выполнив задачу, «М-55» благополучно вернулась в Новороссийск.

    21 января подводная лодка направилась к берегам Крыма стой же задачей – в ночь на 25 января выставить зеленый огонь для навигационного обеспечения кораблей, высаживающих десант в Судаке. Вечером 21 февраля «М-55» подверглась артиллерийскому обстрелу с берега. В условиях шторма на субмарине вышел из строя гирокомпас, и получили повреждения кормовые горизонтальные рули. Вечером 24 января, за несколько часов до начала операции, субмарина была отозвана с позиции, поэтому корабли с десантом не предупрежденные об этом, идя в условиях шторма и тумана, имели значительную несвязку в счислении и вышли на 4 мили к западу от Судака. К счастью, красный огонь «Щ-201» так же принимавшей участие в навигационном обеспечении высадки, был ими вовремя замечен, бойцы и командиры 554-го горнострелкового полка 138-й стрелковой дивизии были высажены в назначенном месте.

    Февраль – апрель 1942 года «М-55» простояла в Геленджике в ожидании свободного дока для ремонта. Только в мае подошла ее очередь. В июле после ремонта в Новороссийске субмарина вступила в строй.
    С октября «М-55» привлекают к выходам на позиции в район Ялты и Анапы (позиции № 47 и 52), но там встреч с кораблями противника не было.

    28 октября командиром корабля стал капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга) Бродский Эдуард Борисович.

    Вечером 28 января 1943 года «М-55» вышла из Туапсе с заданием высадки двух разведчиков в районе мыс Кикинеиз – мыс Меганом. 30 января при попытке высадить в районе мыса Меганом разведгруппу «М-55» была замечена с берега и обстреляна противником. Командир скомандовал «Срочное погружение», но из-за возникшего замешательства субмарина ушла под воду с отдраенной крышкой верхнего рубочного люка. К счастью, командир успел задраить нижний люк. Субмарина легла на грунт с затопленной боевой рубкой. Всплыв, подводная лодка вновь попала под обстрел, но сумела отойти от берега и откачать воду из рубки. От пулеметного огня «М-55» получила около 30 пулевых пробоин в корпусе, в основном в надстройке и ограждении рубки. В результате попадания воды вышло из строя все электрооборудование боевой рубки, в том числе электроуправление горизонтальных рулей, репитер гирокомпаса. От удара о грунт был погнут баллер кормовых горизонтальных рулей. Командир субмарины посчитал, что полученные кораблем повреждения не позволяют выполнить поставленную задачу, и принял решение вернуться в Туапсе.

    Сделав в конце февраля – начале марта непродолжительный выход к берегам Крыма (позиция № 48-а/64, район между меридианом 35°55' с.ш. и мысом Киик-Атлама), подводная лодка встала в Туапсе на текущий ремонт. Вступив в строй, «М-55» в конце августа – начале сентября патрулировала район Ялта – Феодосия (позиция № 84, 86). Как и в предыдущем походе, встреч с кораблями противника не было.

    Первый контакт с врагом состоялся в следующем боевом походе. Днем 4 октября «М-55» у южного берега Крыма (позиция № 97) обнаружила конвой из десантных барж, но атака не состоялась из-за большого курсового угла.

    В ноябрьском патрулировании южного берега Крыма (позиция № 98) подводная лодка имела две встречи с противником. Одна из них завершилась торпедной атакой. 2 ноября «М-55» не смогла занять выгодную позицию для пуска торпеды из-за угрозы случайного тарана корабля эскорта конвоя, зато на следующий день ее атаке подверглась десантная баржа «F-472». Две выпущенных торпеды прошли мимо цели, а сама подводная лодка пережила кратковременную безуспешную контратаку глубинными бомбами. В конце ноября «М-55» еще раз выходила к крымским берегам (позиция № 97, 98), но на этот раз контактов с противником не было.

    В ходе декабрьское патрулирования южных берегов Крыма «М-55» представился еще один шанс открыть боевой счет. Днем 27 декабря подводная лодка по оценке командира с дистанции 11,5 кбт атаковала два тральщика противника, стоящие у причала в Двуякорной бухте. На субмарине слышали два взрыва, а в перископ наблюдали столб густого дыма. Атаке подводной лодки подверглась база 1-й флотилии «шнельботов» в поселке Киик-Атлама (немецкое название Иван-Баба, на это время там базировались торпедные катера «S-26», «S-28», «S-42», «S-45», «S-47», «S-49», «S-51», «S-52» и «S-72»). Противник наблюдал торпеды, взорвавшиеся на берегу, а подводная лодка подверглась получасовому преследованию, в ходе которого на нее было сброшено 13 глубинных бомб.

    Несмотря на плохое техническое состояние «М-55» в первой половине 1944 года еще два раза выходила на позиции. В конце января – начале февраля «М-55» вновь патрулировала у южных берегов Крыма, во второй половине апреля – юго-западнее мыса Сарыч (позиция № 10). Противник был встречен только раз, когда 22 апреля субмарина не смогла занять позицию для торпедного залпа по конвою.

    Летом субмарина начала текущий ремонт, продлившийся до середины сентября. 9 ноября на ней сменился командир. Им стал капитан-лейтенант Парфенов Николай Александрович. Вскоре из-за крайней изношенности механизмов «М-55» была разоружена и исключена из состава ВМФ СССР, а уже 1 февраля 1945 года она была сдана на разборку.

    «М-55» стала единственной подводной лодкой серии, которая выпустила торпеды. Всем остальным «малюткам» VI и VI-бис серии такого случая не представилось.