К началу войны с СССР Германия не планировала широкомасштабных действий на море, поэтому выделенные для этого силы значительно уступали советскому флоту. На Балтике кроме установки минных заграждений планировалось применение подводных лодок. Для этих целей Штаб руководства войной на море выделил пять субмарин из состава 22-й учебной флотилии – «U-140», «U-142», «U-144», «U-145» и «U-149». Эти подводные лодки относились ко II-D серии и прекрасно подходили для действий на таких закрытых театрах как Балтийское море. Подводные лодки учебных флотилий, в отличие от флотилий вводимых в строй лодок, являлись полноценными боевыми кораблями, на которых курсанты учебных дивизий отрабатывали навыки работы на аппаратуре своего боевого поста. К моменту привлечения подводных лодок к боевым действиям их экипажи были вполне подготовлены для выполнения боевых задач. Для действий «челноков» выделено пять районов: западнее Моонзундских островов, между Ирбентским проливом и Виндавой, в устье Финского залива севернее мыса Ристна, между Мемелем и Либавой и южнее острова Готланд. За несколько дней до начала осуществления плана «Барбаросса» немецкие подводные лодки заняли указанные районы.

    Первой добилась успеха «U-144» (командир капитан-лейтенант Гердт фон Миттельштадт). Подводная лодка занимала район между Ирбенским проливом и Виндавой. Цели не заставили себя ждать. Как известно, практически сразу после начала войны советские корабли были вынуждены покинуть Либаву, которая находилась всего в 120 км от германской границы. 23 июня «U-144» атаковала шедшую из Либавы в Усть-Двинск «М-78». Никто из 15 человек экипажа советской субмарины не спасся. Больше в этом походе контакта с советскими кораблями не было, хотя в течение нескольких дней с момента начала войны через район занятый «U-144» неоднократно проходили советские подводные лодки и надводные корабли, которые вполне могли стать жертвой торпед германской субмарины. Немцы упустили возможности пополнить свой боевой счет. После того, как пала Либава и была захвачена Виндава, пребывание «U-144» в данном районе потеряло смысл. 30 июня подводная лодка вернулась в базу.

    Пополнив запасы, 7 июля «U-144» вновь вышла в море. На этот раз подводная лодка была направлена к устью Соэлавяйна, где безопасность судоходства в то время для советской стороны имела большое значение. На якорных стоянках Моонзунда базировались корабли Отряда легких сил, а бухта Триги фактически являлась маневренной базой подводных лодок. Туда же базировались «малютки» 4-го и 8-го дивизионов, но вскоре U-бот был переразвернут в район севернее мыса Ристна, где оставался до 19 июля. За время боевого похода субмарина имела неоднократные контакты с советскими подводными лодками. Часто роли стремительно менялись. Днем 11 июля «челнок» обнаружила «М-97». Условия для атаки у советской подводной лодки были практически идеальными – курс цели 45° правого борта, скорость 2-3 узла, расстояние 6 кбт, свой курсовой 0°, но командир «малютки» растерялся, и забыл дать команду о подготовке торпедных аппаратов к выстрелу. Через несколько часов в качестве охотника выступила уже «U-144», выпустив по «М-97» одну торпеду, которая, к счастью, прошла мимо.

    В третий боевой поход подводная лодка Миттельштадта вышла 28 июля. Субмарина снова направилась к мысу Ристна, где снова имела несколько возможностей пополнить свой победный список за счет советских подводных лодок, но все вышло наоборот. Вечером 10 августа в 20 милях западнее мыса Ристна немка стала жертвой торпеды «Щ-307».

    Второй немецкой подводной лодкой отличившейся в «Восточном походе» стала «U-149» под командованием капитан-лейтенанта Хорста Хёлтринга. Ее карьера на Балтике была достаточно короткой. За два дня до начала войны подводная лодка заняла район в устье Финского залива, южная граница которого ограничивалась параллелью мыса Ристна. Очень скоро субмарина открыла боевой счет. Разные источники приводят разные даты атаки «U-149» - 26, 27 и 28 июня, но в результате сомнений нет. Потоплена «М-99». 11 июля «U-149» прибыла в Готенхафен, где встала на ремонт. Очевидно, причиной повреждений «челнока» стала атака на лодку пары «МБР-2» из 81-й отдельной морской разведывательной авиаэскадрильи 9 июля в 13 милях юго-западнее Ханко. Самолеты сбросили на субмарину четыре 50 кг бомбы, и, хотя не добились прямого попадания, наблюдали взрывы вблизи борта цели. На этом участие в войне на Востоке для «U-149» закончилось. В середине июля вместо нее против советского флота на Балтике действовала «U-139».

    Третья победа немецких подводников на Балтике произошла спустя почти месяц после нападения Германии на СССР. На этот раз отличилась «U-140» (командир капитан-лейтенант Ганс Юрген Хейльригель). В первые дни войны она находилась на позиции у побережья Курляндии между Либавой и Мемелем. Единственный контакт с советским кораблем состоялся 24 июня, когда немцы неудачно двумя торпедами атаковали «С-10». Фронт стремительно откатывался на восток, и вскоре присутствие субмарины в этом районе теряло всякий смысл. 30 июня она была отозвана в базу, но спустя неделю вновь вышла в море. На этот раз подводной лодке предстояло действовать на западных подходах к Ирбенскому проливу. Обнаружив там отсутствие целей, субмарина вскоре была переразвернута на подходах к Соэлавяйну. Здесь немецким подводникам скучать не пришлось, но первые контакты с советскими подлодками удачи не принесли. Выйти в атаку так и не пришлось. Только вечером 20 июля «U-140» выпустила две торпеды по возвращающейся из похода «С-9». Первая торпеда взорвалась от удара о берег, от второй, выпущенной спустя 11 минут советская подводная лодка сумела уклониться. Утром 21 июля немцам сопутствовал успех. Торпеда «U-140» поразила «М-94». К счастью для части советского экипажа подводная лодка затонула не сразу и 11 моряков сумели спастись. Шедшая в паре с «М-94» «М-98» избежала гибели. Вторая торпеда выпущенная с «U-140» прошла мимо. Спустя сутки немецкая подводная лодка была перенацелена для действий в районе острова Готска-Санден, где в ночь на 23 июля немцы имели контакт с подводной лодкой типа «Щ». (Вероятно, «Щ-322», либо «Щ-308»). Последняя выпущенная торпеда прошла мимо цели. Израсходовав боезапас, «U-140» 25 июля прибыла в Готенхафен, где вскоре вернулась к выполнению учебных задач.

    Действия других немецких подводников на Балтике в 1941 году вполне сравнимы с действиями большинства их советских коллег. «U-139» (командир обер-лейтенант Хорст Эльфе) за два похода (первый – с 16 по 25 июля у пролива Соэловяйн, второй – с 29 июля по 18 августа предположительно у острова Готска-Санден) контактов с противником не имела вовсе.

    «U-142» к началу войны заняла район южнее острова Готланд, где находилась до 11 июля. Противник не был обнаружен. Патрулирование района западнее Моонзундских островов в конце июля – начале августа так же не принесло немцам успеха, хотя 28 и 30 июля подводная лодка имела возможность атаковать «Щ-322» и «Л-3», а утром 6 августа «U-142» безрезультатно выпустила одну торпеду по подводной лодке типа «С».

    «U-145» (командир капитан-лейтенант Рудольф Франциус) с 20 июня находилась в районе западнее Моонзундских островов и имела два контакта с советскими субмаринами. В первый раз в ночь на 25 июня была обнаружена «Щ-311». Командиры как немецкой, так и советской подводных лодок посчитали себя атакованными, и предпочли уклониться погружением. Второй раз «челнок» атаковал одной торпедой «Л-3». Это случилось 3 июля северо-западнее бухты Кихелькона. Торпеда прошла мимо, а советские подводники даже не заметили атаки. Второй выход в море продолжался с 14 по 29 июля. Подводная лодка патрулировала район в устье Финского залива. В это время через район действий «челнока» безнаказанно прошли несколько советских подводных лодок. Немцам пришлось возвращаться в базу ни с чем. С 9 по 28 августа «U-145» находилась в море с задачей патрулирования района севернее мыса Ристна, но снова успеха добиться не смогла.

    После того как пал Таллин, присутствие немецких подводных лодок в восточной части Балтики потеряло всякий смысл. Субмарины были отозваны в базы и вскоре вернулись к своим прямым обязанностям по подготовке кадров для Битвы за Атлантику.

    Действия немецких подводных лодок на Балтике в 1941 году никак нельзя назвать блестящими. Принимая во внимание тот факт, что советское командование в первые дни войны предприняло ряд спешных и непродуманных операций и бессмысленных перемещений как надводных, так и подводных кораблей, а противолодочная оборона КБФ в этот момент была организована исключительно плохо, немцы могли бы добиться более значительных успехов. Итоги действий «шнельботов», например, за этот же период составили потопленными 6 транспортных судов (7.660 брт) и плавмаяк, 6 транспортов было захвачено (10.429 брт) и приведено в свои порты. Из советских боевых кораблей «шнельботами» потоплены подводная лодка, два торпедных катера и тральщик. Эсминец «Сторожевой» в результате попадания торпеды потерял носовую часть и был надолго выведен из строя. При этом немцы потеряли всего два торпедных катера.

    Сама идея использования подводных лодок на Балтике в 1941 году представляется ошибочной. С самого начала войны стало ясно, что никаких морских коммуникаций в открытой части Балтики у советской стороны быть не может, поэтому все действия немецких подводных лодок свелись к борьбе с советскими субмаринами. В этих условиях любая подводная лодка очень быстро из охотника может превратиться в дичь. К тому же сама подготовка немецких подводников оставляла желать лучшего. Как и их советские коллеги, немцы производили одно-торпедный залп, что не всегда приводило к поражению цели.