Активные действия советских субмарин на Балтике в 1942 году заставили противника принять меры к недопущению прорыва подводных лодок КБФ на коммуникации подвоза стратегических материалов и сырья. Для этого было решено герметично закрыть выход из Финского залива сетевыми заграждениями, хотя заготовка сетей стоила больших материальных затрат. Кроме того, немцы и финны значительно усилили силы ПЛО, расширили и подновили минные поля.


    28 марта, как только в западной части Финского залива растаял лед, началась установка сетей. В течение апреля – мая полторы сотни немецких и финских кораблей и катеров занимались оборудованием противолодочного заграждения. Одновременно производились минные постановки. Чтобы предохранить сеть от повреждений во время штормов, ее высота не доходила до дна, но для того, чтобы подводные лодки не могли проходить между грунтом и сетью, предусматривалась установка донных мин. К 9 мая оборудование противолодочного рубежа было завершено. Помимо сетей противник установил, кроме уже имевшихся, 9834 мины и 11244 минных защитника.


    К весне 1943 года бригада подводных лодок КБФ, которой с 15 февраля командовал контр-адмирал Верховский С.Б. имела следующий состав: 1-й дивизион (с 18 мая 1943 командир капитан 1 ранга Орёл А.Е.) включал в себя подводные лодки «С-4», «С-9», «С-12», «С-13», «Д-2» и подводные минные заградители «Л-3» и «Лембит». 2-й дивизион (командир капитан 2 ранга Полищук В.А.) состоял из только что вступивших в строй «К-52» и «К-56». 3-й дивизион (командир капитан 2 ранга Гольдберг Г.А.) включал в себя «Щ-303», «Щ-307», «Щ-309», «Щ-310», «Щ-318», «Щ-323», «Щ-406», «Щ-407», «Щ-408». 5-й дивизион (командир капитан 2 ранга Сидоренко П.А.) состоял из «М-90», «М-96», «М-102», «М-77», «М-79». В дивизион вновь строящихся и капитально ремонтирующихся кораблей (командир капитан 2 ранга Шевцов Е.В.) входили «П-2», «П-3», «К-51», «К-53», «К-54», «К-55», «Л-21», «Щ-411», «Щ-412», «Щ-413», «Щ-414» и находящиеся на консервации «М-72», «М-73», «М-74», «М-75», «М-76», «Р-1», «М-400». 31 августа в состав 1-го дивизиона вошла «Л-21», а 17 июля и 17 ноября в состав 2-го дивизиона вошли соответственно «К-53» и «К-51».


    Готовясь к кампании 1943 года, штаб КБФ разработал план развертывания подводных лодок на вражеских коммуникациях и мероприятия по их прорыву в Балтийское море, однако он был построен на опыте действий предыдущего года и не учитывал усиление противолодочной обороны противника. Наличие противолодочных сетей было установлено с помощью аэрофотосъемки только 6 июня.


    Потери начались еще до начала развертывания подводных лодок. В ночь на 1 мая «Щ-323», совершавшая переход из Ленинграда в Кронштадт, подорвалась на донной мине в Морском канале и погибла.


    6 и 7 мая для выяснения обстановки в Финском заливе в море направились «Щ-303» и «Щ-408». «Щ-303» успешно форсировала гогландский минный рубеж, но преодолеть сетевую преграду не смогла. Далее подводная лодка в течение 20 суток подвергалась преследованию кораблей вражеской ПЛО. «Щ-408» погибла при форсировании гогландской позиции. 25 мая на Лавенсари прибыли «С-12» и «Щ-406». Здесь они три дня напрасно ждали возвращения «Щ-303» и «Щ-408». 29 мая ушла в неизвестность «Щ-406». Следующей ночью командир «Щ-303» наконец-то вышел на связь. В его докладе сообщалось о сложной обстановке в районе противолодочного рубежа. Еще было время вернуть «Щ-406», но этого никто не сделал. Поход «С-12» задержали до возвращения «Щ-303», а затем вовсе отставили, и субмарина вернулась в Кронштадт. 10 июля командование КБФ вновь приняло решение о попытке прорыва подводных лодок в открытую часть Балтики. Для этого были назначены «С-9» и «С-12». 26 июля подводные лодки вышли из Кронштадта. 1 августа «С-12» у острова Кери произвела зарядку аккумуляторов и больше на связь не выходила. «С-9» пыталась торпедировать противолодочную сеть. Попытка разрушить сетевое заграждение с помощью авиации также ни к чему не привела. 10 августа «С-9» доложила об обстановке и через два дня получила «добро» на возвращение, но так и не вернулась.


    В связи с гибелью пяти подготовленных экипажей командование КБФ наконец-то приняло решение воздержаться от дальнейшей посылки подводных лодок в море. Исключение составляли только «малютки», которые совершили несколько походов с задачей ведения разведки и высадки разведгрупп на острова Гогланд и Большой Тютерс. Две «малютки» были переведены на Ладожское озеро, где так же в основном занимались ведением разведки и высадкой разведгрупп на территории противника. За всю кампанию 1943 года подводные лодки КБФ провели всего две торпедных атаки, которые оказались безрезультатными.