Заложена 10 июля 1935 года на судоверфи «Germaniawerft» в Киле под стапельным номером 548. 6 декабря 1935 года подводная лодка была спущена на воду и 4 января 1936 года под командованием капитан-лейтенанта Ганса Паукштадта (Hans Pauckstadt) вступила в состав Кригсмарине.

    20 ноября 1936 года в ходе учебной атаки в Любекской бухте подводная лодка была таранена миноносцем «T-156» и затонула. В результате аварии на субмарине погибло 8 человек. Поднята; и в сентябре 1937 года вновь введена в строй.

    Начало Второй Мировой войны «U-18» встретила в составе 3-й флотилии подводных лодок. Приняла участие в боевых действиях на Западе. Под командованием Макса-Германа Бауэра (Max-Hermann Bauer) и Эрнста Менгерсена (Ernst Mengersen) в ходе шести боевых походов в Северном море субмариной было потоплено 2 судна общим водоизмещением в 1.500 брт.

    Осенью 1941 года, когда стало ясно, что «блицкриг» в СССР потерпел крах, немецкое командование решило перебросить на Черное море часть своих военно-морских сил. Было решено в их число включить 6 малых подводных лодок II серии, в том числе и «U-18». Так как проход Черноморскими проливами был исключен, переброска субмарин осуществлялась по маршруту Киль – Гамбург – Дрезден (по Эльбе), после чего сухопутным путем до Ингольштадта и далее вниз по Дунаю до Сулины, а затем к месту базирования – в Констанцу.

    Перебазирование подводной лодки началось летом 1942 года, а в конце мая 1943 года «U-18» вновь вступила в строй, причем на транспортировку корабля было затрачено всего шесть недель.

    Под командованием старшего лейтенанта Карла Фляйге (Karl Fleige) субмарина принимала участие в боевых действиях против советского Черноморского флота, совершив 8 боевых походов (в конце мая – начале июня 1944 года она выходила в море под командованием Рудольфа Арендта). Результатом боевой деятельности «U-18» против СССР стала гибель вспомогательного тральщика «Джалита» 29 августа 1943 года (оставшиеся в живых члены экипажа были подобраны «СКА-0108»). 18 ноября 1943 года у Лазаревского торпедой с подводной лодки был поврежден танкер «Иосиф Сталин» (7745 брт), который своим ходом смог вернуться в Туапсе. К этому списку можно добавить повреждение сторожевого катера «№ 0132» (типа «МО-1», вооруженного только двумя пулеметами ДШК), который был обстрелян из 20-мм орудия подлодки вечером 30 августа 1943 года.

    20 августа 1944 года «U-18» тяжело повреждена советской авиацией в порту Констанца и в виду невозможности ввода в строй затоплена экипажем на внешнем рейде. В конце 1944 года корабль поднят аварийно-спасательной службой Черноморского флота и включен в списки, но 14 февраля 1945 года подводную лодку решено не восстанавливать и ее поставили на прикол.

    26 мая 1947 года субмарина была потоплена артогнем подводной лодки «М-120» в ходе учений в районе Севастополя. 19 июня 1947 года исключена из списков судов ВМФ СССР.