Заложена 8 апреля 1935 года на судоверфи «Germaniawerft AG» в Киле, 30 июля 1935 года подводная лодка спущена на воду и 21 августа 1935 года под командованием капитана 3 ранга Ганса-Гюнтера Лоофа вступила в строй.

    Субмарина приняла активное участие во Второй мировой войне, действуя как на Западе, так и на Востоке; корабль совершил в общей сложности 19 боевых походов.

    С 30 декабря 1939 по 10 июня 1940 года «U-9» командовал Вольфанг Лют (второй результат среди командиров немецких подводных лодок, уничтожено 47 судов, 228.981 брт), который за пять патрулирований в Северном море потопил 7 пароходов (один транспорт погиб на мине выставленной подводной лодкой) и французскую субмарину «Дорис».

    Осенью 1941 года, когда стало ясно, что война с СССР из молниеносной превратилась в затяжную, немецкое командование решило перебросить на Черное море часть своих военно-морских сил. Было решено в их число включить и 6 подводных лодок, в том числе и «U-9». Так как проход Черноморскими проливами был исключен, переброска осуществлялась по маршруту Киль – Гамбург – Дрезден (по Эльбе), после чего сухопутным путем до Ингольштадта и далее вниз по Дунаю до Сулины, а затем к месту базирования – в Констанцу.

    Перебазирование лодки началось весной 1942 года, а через 10 месяцев «U-9» снова вступила в строй, причем на транспортировку лодки было затрачено всего шесть недель.

    Под командованием Ганса-Иоахима Шмидт-Вейхерта (июль 1941 – сентябрь 1943) и Генриха Клапдора (сентябрь 1943 – август 1944) подводная лодка в составе 30-й флотилии ПЛ принимала участие в боевых действиях против советского Черноморского флота, совершив на этом театре 12 боевых походов. 11 мая 1944 года «U-9» под командованием Клауса Петерсена (командир «U-24», замещал штатного командира) повредила сторожевой корабль «Шторм».

    20 августа 1944 «U-9» потоплена в ВМБ Констанца бомбами самолетов «Пе-2» 40-го авиационного полка пикирующих бомбардировщиков ВВС Черноморского флота.

    В начале 1945 года поднята аварийно-спасательной службой ЧФ и отбуксирована в Николаев и поставлена в восстановительный ремонт 19 апреля 1945 года. Зачислена в состав ВМФ СССР с присвоением обозначения «ТС-16».

    12 декабря 1946 года исключена из списков ввиду невозможности восстановления и сдана на разборку.