Заложена 24 ноября 1936 года на заводе № 194 (им. Марти) в Ленинграде под стапельным номером 405. Секциями по железной дороге корабль перевезен во Владивосток, где на заводе № 202 (Дальзавод им. Ворошилова) произведена его сборка. 25 декабря 1939 года подводная лодка спущена на воду, 20 октября 1941 года вступила в строй и 7 ноября 1941 года под командованием капитан-лейтенанта (затем капитана 3 ранга, капитана 2 ранга) Щедрина Григория Ивановича вошла в состав Тихоокеанского флота.

    4 сентября 1942 года Государственный Комитет Обороны принял решение об усилении Северного флота за счет перевода с Тихого океана шести подводных лодок. В их число вошли два «Ленинца» («Л-15» и «Л-16») и четыре недавно вступившие в строй «эски» 3-го дивизиона 1-й бригады ПЛ ТОФ: «С-51», «С-54», «С-55» и «С-56». Подводные лодки отправлялись парами. Общее руководство переходом возложено на командира 3-го дивизиона ПЛ капитана 1 ранга А.В. Трипольского (шел на борту «С-51»). Кроме того, по подводным лодкам были распределены дивизионные специалисты, исполняющие обязанности вахтенных офицеров. На «С-56» шел дивизионный связист Л.В. Бондарюк.

    6 октября 1942 года подводные лодки «С-51» и «С-56» покинули Владивосток. Переход проходил по маршруту: Владивосток – Петропавловск-Камчатский – Датч-Харбор – Сан-Франциско – Коко-Соло (Панамский канал) – Гуантанамо – Галифакс – Розайт – Лервик – Полярное. В пути подводные лодки дважды выдержали сильный шторм, в результате «С-56» пришлось задержаться в Галифаксе и Розайте для проведения аварийного ремонта.

    Наконец, 8 марта 1943 года в районе Териберки «С-56» встретили эсминец «Валериан Куйбышев», сторожевой корабль «Гроза» и сопроводили в Полярное. За время 153-суточного перехода субмарина прошла два океана и девять морей (Японское, Охотское, Берингово, Карибское, Саргассово, Северное, Гренландское, Норвежское и Баренцево), провела в море 67 суток, пройдя 16632 мили (в том числе 113 под водой). В этот же день «С-56» включена в состав 2-го дивизиона бригады ПЛ СФ.

    После навигационного ремонта и традиционной сдачи зачетов вечером 31 марта «С-56» вышла в район мыса Нордкап (позиция № 4). Обеспечивал боевой дебют субмарины командир 2-го дивизиона ПЛ капитан 2 ранга А.В. Трипольский. В ночь на 6 апреля подводная лодка в районе мыса Маккаур произвела высадку на побережье противника разведгруппы из четырех человек, а 10 апреля произвела свою первую торпедную атаку. Вражеский конвой был обнаружен подводной лодкой у мыса Слетнес. «С-56» выпустила две торпеды из кормовых аппаратов по судну, оцененному командиром субмарины в 8000 тонн. Спустя две минуты акустик подлодки доложил, что зафиксировал взрыв, который слышал так же личный состав I и II отсеков. Через 25 минут, осматривая горизонт в перископ, командир субмарины обнаружил судно без хода. При повторном осмотре через полчаса цель не обнаружена; транспорт посчитали уничтоженным. Германский конвой не заметил атаку подлодки; несколько удаленных взрывов, принятых подводниками за признаки сброса глубинных бомб, скорее всего, относятся к неудачной атаке конвоя авиацией СФ.

    Продолжая крейсерство, вечером 19 июля в районе Гамвика «С-56» по данным гидроакустики атаковала групповую цель. Визуально элементы движения кораблей и их количество мешал определить густой туман. Атака проводилась кормовыми торпедными аппаратами; дистанция до цели составляла 17 кбт. В таких условиях попадание могло произойти только чудом, и чудо произошло! Через две минуты на подлодке услышан отдаленный взрыв, свидетельство гибели сторожевого корабля «NKi-09» (мобилизованный рыболовный траулер «Алане»), перевозившего команду для поиска и уничтожения разведгруппы, высаженной «С-56» 6 апреля. Подводная лодка развернулась, и через 20 минут повторила атаку. На этот раз лимит чудес был исчерпан, торпеды прошли мимо цели.

    Вскоре подлодка была отозвана в базу, и вечером 21 июля прибыла в Полярное, где тут же встала на текущий ремонт, который завершился только в конце 1943 года. В ходе ремонтных работ на подводной лодке установлена новая аккумуляторная батарея и гидролокатор «Дракон-129».

    Четвертый боевой поход «С-56» состоялся в рамках операции «РВ-1». 18 января 1944 года субмарины вышла для действий в секторе № 3 в районе мыс Слетнес – Тана-фьорд. На борту подлодки находился начальник отдела подводного плавания штаба СФ капитан 1 ранга В.П. Карпунин. Уже на исходе 20 января «С-56» атаковала крупный конвой «Ki-103-Rf», включавший 11 транспортов. Караван был обнаружен внезапно на малой дистанции, поэтому залп проводился кормовыми торпедными аппаратами из надводного положения. Торпеды прошли мимо, а повторной атаке помешало знание того, что где-то рядом находится подводная лодка «С-102».

    Днем 22 января подводная лодка была вынуждена пропустить проходивший мимо конвой из-за невозможности в условиях шторма удержать корабль на перископной глубине, а на исходе 23 января сама субмарина чуть не стала жертвой противолодочных кораблей противника. «С-56» проводила поиск идя вдоль берега в надводном положении, когда обнаруживший ее сторожевик с небольшой дистанции выстрелил осветительным зарядом. Подводная лодка успела погрузиться, а сторожевики «V-6108» и «NKi-10» приступили к сбросу глубинных бомб. К счастью, преследование было недолгим. Появившийся советский самолет-разведчик заставил охотников вернуться к конвою.

    Успешная атака состоялась только 28 января. В районе мыса Слетнес «С-56» кормовым залпом потопила транспорт «Хайнрих Шульте» («Heinrich Schulte», 1918 г., 5056 брт), шедший в балласте в составе западного конвоя. Сопровождавшие конвой большие охотники «Uj-1208», «Uj-1209» и «Uj-1212» так и не смогли наладить гидроакустический контакт с атаковавшей субмариной и ограничились сбросом на безопасном удалении от подлодки сковывающей серии глубинных бомб. Днем 4 февраля «С-56» благополучно вернулась в базу.

    Наиболее трудным стало участие подводной лодки в операции «РВ-2». С утра 24 февраля субмарина патрулировала район мыса Слетнес (сектор «Ю»). Действия подлодки осложнялись дефектом левого гребного винта из-за чего нельзя было использовать левую линию вала. С утра 26 февраля на «С-56» начали отмечать отдаленные разрывы глубинных бомб, которые продолжали рваться и на следующий день. Подлодка, не зная причин их происхождения, проводила маневры уклонения. Почти двое суток она находилась под водой, не включая машинки регенерации воздуха. Ситуация осложнилась настолько, что командир подлодки разрешил беспартийным покинуть боевые посты; на вахту встали члены ВКП(б). Причиной таинственных взрывов стало прохождение северного конвоя «JW-57». Вечером 25 февраля немецкая подводная лодка «U-990» потопила почти со всем экипажем (спасено лишь 17 человек) британский эсминец «Mahratta», после чего корабли сопровождения, пока конвой 28 февраля не достиг Мурманска, проводили профилактический сброс глубинных бомб.

    Наконец, утром 4 марта «С-56» обнаружила вражеский конвой. Атака проводилась в условиях плохой видимости. Субмарина проводила зарядку аккумуляторов, когда обнаружила что находится в середине походного ордера каравана. После срочного погружения подводной лодке из-за сложных погодных условий пришлось атаковать по акустическим пеленгам кормовыми торпедными аппаратами. Команда на пуск торпед по транспорту в 6000 тонн последовала в 04.16, но одна торпеда не вышла вовсе и застряла в торпедном аппарате, а вторая, видимо получив повреждения, взорвалась вскоре после пуска. Торпедисты решили избавиться от застрявшей в аппарате торпеды; для этого они без разрешения командира продули сжатым воздухом торпедный аппарат, в результате чего, корабль принял дифферент на нос и стал быстро погружаться. Провала на запредельную глубину удалось избежать, дав воздух в носовую группу цистерн, но после продувания части балласта подводная лодка начала стремительно всплывать и вскоре оказалась в зоне видимости охотников «Uj-1219» и «Uj-1220», сопровождавших конвой «Ki-109-Rf». «С-56» едва успела снова уйти под воду, как «Uj-1220» начал сброс бомб. К счастью, немецкие корабли не смогли наладить гидроакустический контакт, но четырех глубинных бомб вполне хватило: вышел из строя вытяжной вентилятор, повреждено освещение, разошлись швы на легком корпусе, надстройке, сорвано ограждение носовых горизонтальных рулей, вышел из строя ряд приборов, размещенных на мостике. Подлодка оторвалась от преследования; через четыре часа удалось выстрелить злополучную торпеду.

    Вернувшись в базу, «С-56» прошла докование, на подлодке был установлен стабилизатор глубины «Спрут».

    31 марта 1944 года корабль был удостоен ордена Красного Знамени.

    Шестой боевой поход «С-56» начался вечером 16 мая. Подводная лодка вышла в район сектора № 02 (мыс Нордкин – Тана-фьорд) для действий по плану операции «РВ-4». Пожалуй, это было самое неудачное патрулирование «С-56». С самого начала подлодку преследовала плохая погода и неполадки с техникой. Едва прибыв на позицию, «С-56» была вынуждена ремонтировать зенитный перископ. Днем 26 мая подводная лодка провела безуспешный поиск экипажей «Бостонов» накануне сбитых в районе Тана-фьорда в бою с конвоем «Rp-120-Ki». В ночь на 30 мая на субмарине вышел из строя правый дизель, и ей пришлось вернуться в базу.

    Следующий боевой поход «С-56» проходил в рамках операции «РВ-6». В ночь на 11 июля подлодка покинула базу для действий в районе мыс Нордкин – Берлевог (сектор № 2). Утром 15 июля у мыса Харбакен субмарина обнаружила довольно крупный сильноохраняемый конвой. Атаке мешал густой туман, но все же подлодка с дистанции 7 кбт сумела выпустить четыре торпеды по транспорту и створившемуся с ним миноносцу. Вскоре на подлодке отчетливо услышали два взрыва, а затем еще два. Спустя шесть минут после пуска торпед командир субмарины наблюдал в перископ тонущий кормой миноносец; атакованный транспорт не наблюдался. Атаку посчитали успешной, но немецкий конвой «La-124-Ki» ее не зафиксировал. Услышанные подводной лодкой спустя почти полтора часа после атаки отдаленные разрывы глубинных бомб, принятые на «С-56» как запоздалое преследование, предназначались «М-200», которая атаковала конвой часом позже. 21 июля из-за неисправности верхнего левого газоотводного клапана подлодка была вынуждена досрочно оставить позицию и вернуться в базу, где в ходе навигационного ремонта на корабль установлена выдвижная антенна «ВАН-ПЗ». Нужно отметить, что корабль давно нуждался в более обстоятельном капитальном ремонте; его механизмы были изношены, аккумуляторная батарея заряжалась наполовину, пропускали воду газоотводные клапаны.

    Во второй половине сентября «С-56» приняла участие в операции «РВ-8». Подводная лодка действовала в секторе «Б» у мыса Нордкин. С утра 18 сентября она находилась в назначенном районе, но на этот раз цель долго не появлялась. Субмарина провела в море почти неделю, пока вечером 24 сентября не обнаружила вдалеке вражеский конвой. Несмотря на попытку сократить дистанцию до цели, стрелять пришлось с довольно большого расстояния – 19 кбт. С подводной лодки наблюдали в перископ, как две из четырех выпущенных торпед попали в транспорт, оцененный подводниками в 4000 тонн, но торпеды взорвались о прибрежные скалы; в этот день атакованный подлодкой немецкий конвой «Lf-133-Ki» потерь не понес; атакованный субмариной сторожевик «V-6105» наблюдал следы трех торпед, и сумел уклониться от них. В ответ немцы сбросили на безопасном удалении от «С-56» 30 глубинных бомб, и, по их словам, наблюдали показавшуюся из воды рубку подводной лодки, а на поверхности воды пятно соляра. Считая подлодку уничтоженной или поврежденной, немецкое командование направило в район боя тральщики «M-31» и «M-251». Их и атаковала «С-56» днем 26 сентября. Первые две торпеды прошли мимо и взорвались о прибрежные скалы, вторая пара торпед, выпущенная через шесть минут, по мнению подводников, попала во второй корабль. По крайней мере, взрыв, спроецированный на фоне корпуса тральщика, был зафиксирован на фотопленке. По данным немцев, они наблюдали следы всех четырех торпед, часть которых взорвалась не дойдя до цели. В ответ тральщики сбросили на безопасном удалении от подлодки 33 глубинных бомбы, и даже доложили об уничтожении субмарины, но днем 27 сентября «С-56» благополучно вернулась в Полярное. На этом война для нее закончилась. Подводная лодка встала на ремонт, который завершился в конце декабря 1944 года, к этому времени боевые действия на Севере, в основном, завершились. 5 ноября 1944 года командиру субмарины капитану 2 ранга Г.И. Щедрину присвоено звание Героя Советского Союза, а 23 февраля «С-56» стала гвардейским кораблем.

    После окончания войны подводная лодка продолжила службу на Севере. Летом 1954 года под командованием капитана 2 ранга В.И. Харченко она по Севморпути совершила переход на Дальний Восток, тем самым завершив кругосветное плавание, которое началось в 1942 году. 6 ноября 1953 года «С-56» снова вошла в состав Тихоокеанского флота.

    14 марта 1955 года подводная лодка выведена из боевого состава, разоружена и переформирована в плавучую зарядовую станцию «ПЗС-55» (с 12 января 1957 года «ЗАС-8»). 20 апреля 1964 года переформирована в учебно-тренировочную станцию по борьбе за живучесть «УТС-14».

    9 мая 1975 года после восстановительного ремонта «С-56» установлена на Корабельной набережной Владивостока в качестве мемориала и филиала музея Краснознаменного Тихоокеанского флота.