Заложена 24 ноября 1936 года на заводе № 194 в Ленинграде под стапельным номером 404. Секциями по железной дороге подводная лодка перевезена на Дальний Восток, где на заводе № 202 во Владивостоке производилась её окончательная сборка. 27 ноября 1939 года «С-55» спущена на воду, 25 июля 1941 вступила в строй, и 22 августа 1941 года под командованием капитана 3 ранга Сушкина Льва Михайловича вошла в состав Тихоокеанского флота.

    После отработки задач боевой подготовки и гарантийного ремонта, корабль, входивший к тому времени в состав 3-го дивизиона 1-й бригады ПЛ ТОФ 26 августа – 2 сентября 1942 года принял участие в обеспечении перехода еще не вступившего в строй крейсера «Калинин» из Комсомольска-на-Амуре во Владивосток.

    4 сентября 1942 года Государственный Комитет Обороны принял решение об усилении Северного флота за счет перевода с тихоокеанского театра шести подводных лодок. В их число (кроме «Л-15», «Л-16», «С-51», «С-54» и «С-56») была включена и «С-55». 5 октября 1942 года в паре с «С-54» субмарина начала переход на Север по маршруту: Владивосток – Петропавловск-Камчатский – Датч-Харбор – Сан-Франциско – Коко-Соло – Гуантанамо – Галифакс – Рейкьявик – Гринок – Портсмут – Розайт – Лервик – Полярное. В январе – феврале 1943 года в Розайте подводная лодка провела средний ремонт с заменой аккумуляторной батареи и докование. 8 марта «С-55» прибыла в Полярное и в этот же день зачислена в состав 2-го дивизиона бригады ПЛ СФ.

    Экипаж подводной лодки достаточно быстро подтвердил новому командованию боеспособность своего корабля, после сдачи необходимых зачетов, уже 24 марта «С-55» совместно с эсминцем «Урицкий» обеспечивала возвращение в Полярное подорвавшейся на мине в Варангер-фьорде «М-174», а спустя трое суток вышла в свой первый боевой поход. Подводная лодка действовала северо-западнее Вардё (позиция № 5); и уже через 9 часов после того как субмарина заняла назначенный район, она вышла в первую атаку. Четыре торпеды были выпущены сразу по двум створящимся судам вражеского конвоя, следовавшего в западном направлении. Скоро на подводной лодке зафиксировали два глухих взрыва, обе цели посчитали пораженными. Ряд источников результатом этой атаки называют повреждение парохода «Байя Кастилло» («Bahia Castillo», 8579 брт), но это судно еще 1 мая 1940 года выведено из строя британской подводной лодкой «Нарвал» в проливе Каттегат, отбуксировано в Германию и не восстанавливалось. Суда конвоя, в состав которого входили танкер «Лизелотте Эсбергер» и транспорт «Кифиссия» вовремя заметили одну из торпед выпущенных советской подводной лодкой и сумели провести маневр уклонения. Сопровождавшие конвой охотники «Uj-1103», «Uj-1104» и «Uj-1109» по наводке самолета, отметившего место пуска торпед сбросом двух бомб, контратаковали субмарину, добавив еще 21 глубинную бомбу. Впрочем, вскоре немцам пришлось прекратить преследование; конвой атаковала авиация СФ. Бомбы, сброшенные самолетами на конвой, подводники отнесли на свой счет, считая их (на подлодке зафиксировано 107 взрывов) за продолжение преследования силами ПЛО. Не получив каких-либо серьезных повреждений (подорвано несколько клапанов забортной арматуры, разбито несколько лампочек освещения) в результате контратаки кораблей ПЛО, подлодка продолжила действия в назначенном районе.

    В ночь на 1 апреля в Перс-фьорде «С-55» высадила разведгуппу на побережье противника, но на следующий день поход пришлось прервать. При форсировании минного заграждения «Sperre-IV» на глубине 60 м подводная лодка коснулась минрепа, намотав 85-метровый трос на левый винт; заклинена левая линия вала, электродвигатель сгорел, так как в нарушение инструкции не был остановлен электромотор. К счастью, мина не взорвалась, а подлодка вечером получила разрешение вернуться в базу.

    После краткого ремонта «С-55» вечером 22 апреля вышла для действий между Нордкапом и Нордкином (позиция № 3). Подводная лодка уже более пяти суток вела патрулирование района, когда вечером 29 апреля обнаружила конвой, по оценке командира субмарины состоящий из двух транспортов под охраной трех сторожевиков и шести тральщиков. (Действительный состав конвоя: четыре транспорта, тральщик, шесть сторожевиков и охотников). Четыре торпеды были выпущены по двум створящимся целям, и скоро на подводной лодке зафиксировали три взрыва, посчитав, что попадания достигнуты в оба судна. Тем временем не успевший провести маневр уклонения немецкий угольщик «Щтурцзее» (708 брт) с грузом железной руды поймал две торпеды и быстро уходил под воду. Ставший второй целью транспорт «Клаус Ховальд» отделался легким испугом; выскочившая на поверхность торпеда взорвалась пройдя перед судном. Заметивший точку торпедного залпа тральщик «M-343» контратаковал субмарину, довольно точно сбросив 15 глубинных бомб; их взрывы подбросили подлодку на 10 метров вверх, затем в противолодочный поиск включились охотники «Uj-1207» и «Uj-1208», за три часа сбросив на безопасном удалении от субмарины еще 72 глубинных бомбы. Оторвавшись от преследования и всплыв на поверхность подводники обнаружили, что на субмарине полностью разрушена носовая часть легкого корпуса – до третьего шпангоута форштевень был оторван. Кроме того, бомбежкой на «С-55» повреждены передние крышки носовых торпедных аппаратов, кингстоны носовых балластных цистерн, вышел из строя эхолот. В таком состоянии корабля поход продолжать было невозможно, вечером 30 апреля «С-55» прибыла в Полярное.

    После проведения аварийного, а затем и текущего ремонта, в ходе которого на подводной лодке установлен гидролокатор «Дракон-129», в середине сентября 1943 года «С-55» вновь вступила в строй. Вечером 30 сентября субмарина вышла для действий в район остров Серё – мыс Сверхольдт-клуббен (позиция № 4). В ночь на 6 октября подводная лодка высадила на побережье противника разведгруппу, после чего продолжила действия в районе Порсангер-фьорда (позиция «Б»). Утром 12 октября «С-55» обнаружила вражеский конвой. Как и в предыдущих атаках, командир субмарины выпустил торпеды сразу по двум целям: судам в 8-10 и 3-4 тыс. тонн. Противник заметил атаку подводной лодки лишь благодаря самолету, кружившему над конвоем, он первым сбросил в точку залпа глубинные бомбы. Тем временем транспорт «Аммерланд» (5281 брт) уже тонул; а немецкая Лапландская группировка лишилась почти 2400 тонн продовольствия и фуража. Подошедшим для поиска подлодки охотникам «Uj-1206», «Uj-1207» и «Uj-1208» осталось лишь провести сковывающее бомбометание, не давая субмарине возможность повторить атаку, сбросив на безопасном удалении от подводной лодки 40 глубинных бомб. Благополучно оторвавшись от преследования, «С-55» на исходе 14 октября направилась в базу. За все время патрулирования подводная лодка, пользуясь «Драконом», 14 раз форсировала немецкие минные заграждения. Все прохождения между вражескими минами проводились в нарушение инструкции в надводном или позиционном положении.

    Вечером 4 декабря «С-55» вышла в свой последний поход, ее действия должны были проходить в районе Тана-фьорда (позиция № 2). Утром 8 декабря в устье Тана-фьорда неразорвавшаяся торпеда попала в корму норвежского судна «Валёр» (1016 брт). Корабли сопровождения конвоя не стали покидать свое место в ордере, так как атака подлодки была обнаружена слишком поздно. Дальнейшие действия «С-55» неизвестны, подлодка ни разу не выходила на связь, не ответила она и на приказ о возвращении отданный ей вечером 21 декабря. Вероятно, «С-55» погибла на одной из мин заграждений «NW-27», «NW-28» или «Карин», которые командир «С-55» (судя по предыдущему походу), доверяя гидролокатору, форсировал в опасных положениях. Возможно, что обнаруженный в 1996 году на дне у мыса Слетнес остов подводной лодки является братской могилой для 52 членов экипажа «С-55».