Заложена 28 сентября 1938 года на стапеле завода № 189 (Балтийский завод) в Ленинграде под строительным номером 286. Секциями по железной дороге подводная лодка перевезена на Дальний Восток, где на заводе № 202 (Дальзавод) во Владивостоке производилась ее сборка. 30 октября 1941 года корабль спущен на воду, 30 декабря 1942 года вступил в строй, и 7 февраля 1943 года вошел в состав Тихоокеанского флота.

    9 августа 1945 года «С-53» встретила под командованием капитан-лейтенанта Кольцова Михаила Ивановича в составе 1-го дивизиона 1-й бригады ПЛ ТОФ. Вечером 14 августа после того как «Щ-127» обнаружила в Японском море соединение японских кораблей, «С-53» была выслана на их перехват, но так как подводная лодка все равно не успевала к месту возможной встречи, она вскоре возвращена в базу. Это единственный эпизод участия «эки» в боевых действиях.

    После окончания войны подводная лодка служила на Дальнем Востоке (с 17 января 1947 года в составе 5-го ВМФ). 24 августа 1954 года «С-53» исключена из состава ВМФ СССР и передана Китайской Народной Республике, где служила в составе её ВМС до начала 1970-х годов.