Заложена 23 февраля 1940 года на заводе № 198 (им. Марти) в Николаеве под строительным номером 360. 17 июля 1941 года подводная лодка спущена на воду.

    На 22 июня 1941 года готовность корабля составляла 50,4 % со сроком сдачи в 1941 году.

    В середине августа 1941 года при угрозе захвата немцами Николаева «С-35» ушла на буксире с грузом цветных металлов в Севастополь. В районе Очакова буксирующее судно подорвалось на мине и затонуло, а лодку взял на буксир танкер «Москва». Осенью 1941 года «С-35» отбуксировали на Кавказ и там законсервировали; командиром корабля назначен старший лейтенант Белозерский Виктор Михайлович.

    После окончания войны, 23 июля 1946 года, подводная лодка возвращена в Николаев для достройки. 6 февраля 1948 года «С-35» вступила в строй и 18 (по другим данным 13) февраля вошла в состав Черноморского флота. Весной 1954 года субмарина перешла по Волго-Донскому каналу в Баку и 8 апреля 1954 года зачислена в состав Каспийской Военной Флотилии.

    17 февраля 1956 года «С-35» выведена из боевого состава, разоружена и переоборудована в плавучую зарядовую станцию «ПЗС-36» (с 27 декабря 1956 года «ЗАС-6»), а 15 марта 1962 года исключена из списков и разобрана на металл.