Заложена 22 июня 1939 года на заводе № 196 в Ленинграде под строительным номером С.120. 15 апреля 1940 года подводная лодка спущена на воду, 10 июля 1940 вступила в строй и 1 августа 1940 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.

    Начало Великой Отечественной войны «М-98» встретила под командованием капитан-лейтенанта Беззубикова Ивана Ивановича в составе 8-го дивизиона 2-й бригады ПЛ КБФ на Ханко. Субмарина только-только прошла в Либаве текущий ремонт и поэтому числилась в оргпериоде.

    19 июля 1941 года «М-98» прибыла в Триги, откуда около 00.00 часов 21 июля вышла для несения дозора северо-западнее мыса Ристна (позиция № 9). Подводная лодка шла в паре со своим «систершипом» «М-94» под эскортом катеров-тральщиков. Пройдя Соэло-Вяйн, эскорт оставил подводные лодки, и они продолжили движение самостоятельно. Около 8 часов в районе маяка Кыпу «М-94» была потоплена торпедой с немецкой субмарины «U-140». «М-98» счастливо избежала попадания, после чего приняла участие в спасении части экипажа своей менее счастливой подруги.

    Видимо, гибель «М-94» произвела сильное впечатление на командира «М-98» Беззубикова. Большую часть времени патрулирования на позиции лодка лежала на грунте, и лишь ночью на короткое время она всплывала на поверхность для вентиляции отсеков. В конце концов, в оптическую систему перископа просочилась вода, и «М-98» ничего не оставалось, как вернуться в базу, куда она прибыла 26 июля.

    Результат похода не удовлетворил командование. Командир подводной лодки получил строгий выговор с предупреждением, если подобный случай повторится, то он будет предан суду Военного трибунала, что, учитывая обстановку того времени, означало расстрел.

    В конце июля 1941 года «М-98» пришла в Таллин, где прошла докование.

    28 августа советские войска покинули столицу Эстонии. «М-98» входила в Отряд прикрытия. В районе острова Аэгна подводная лодка покинула караван и направилась на позицию в район восточнее маяка Порккалан-Каллбода с задачей прикрытия перехода кораблей и судов. До 2 сентября субмарина находилась на позиции, но встреч с противником не имела и 4 сентября самостоятельно вернулась в Кронштадт.

    В ночь на 28 сентября «М-98» вновь вышла в боевой поход (позиция № 6 в Нарвском заливе). История июльского похода повторилась. Командир субмарины действовал крайне пассивно, большую часть времени подводная лодка провела на грунте и встреч с противником не имела.

    9 октября «М-98» вернулась в Кронштадт. По возвращении субмарины из похода командование бригады подводных лодок возбудило ходатайство о предании капитан-лейтенанта Беззубикова суду Военного трибунала. Командир «М-98» сумел избежать суда. 13 ноября 1941 года «малютка» под его командованием вновь вышла в боевой поход для действия на коммуникации Таллин-Хельсинки. До меридиана острова Найссар подводная лодка должна была следовать в составе конвоя на Ханко. В ночь на 14 ноября в районе острова Кери караван попал на плотное минное поле. На минах подорвались эсминец «Суровый» и подводная лодка «Л-2».

    Около 01.20 «М-98» вышла из состава конвоя, и, взяв курс на северо-запад, погрузилась. Больше ее никто не видел и не слышал. В 01.57 на кораблях конвоя в направлении «М-98» были услышаны два сильных взрыва. Вероятно, подводная лодка погибла на мине заграждения D.35 или D.46. Так же не исключена возможность гибели субмарины на плавающей мине в районе Таллина, а так же ошибка личного состава или отказ техники. На «М-98» в ее последнем походе было 18 человек.

    По данным К.Стрельбицкого летом 1999 года на дне Финского залива (точное место не указано) обнаружена «Малютка» XII серии. Ее тактический номер неизвестен. Фактически, ей может оказаться «М-98», «М-95» или «М-96».