Заложена 26 июля 1937 года на заводе № 112 (Красное Сормово) в Горьком. Заводской номер 247. 20 июля 1938 года подводная лодка была спущена на воду, и 20 ноября 1939 года вступила в строй. 12 декабря 1939 года «М-96» вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота. Первым командиром субмарины назначен капитан-лейтенант Маринеско Александр Иванович. Начало Советско-финляндской войны корабль встретил в составе 26-го дивизиона ПЛ КБФ, проходя ходовые испытания, поэтому участия в боевых действиях не принимал.

    22 июня 1941 года «М-96» встретила в составе 8-го дивизиона 2-й бригады ПЛ на Ханко. За день до этого подлодка вернулась из дозора на подходах к базе, где наблюдала интенсивное движение германских транспортов из Финляндии. С началом войны субмарина перебазировалась на Таллин, откуда в середине июля 1941 года перешла в бухту Триги, где поступила в распоряжение Коменданта Береговой обороны Балтийского района (БОБР). Вечером 22 июля «М-96» вышла на позицию у Айнажи в западной части Рижского залива. Подробностей этого выхода не сохранилось, так как отчет о походе Маринеско направил в штаб БОБРа, где он был, скорее всего, уничтожен при отходе наших частей на полуостров Сворбе; бортовой журнал «М-96» был сдан в штаб бригады подплава и, вероятно, погиб при эвакуации Таллина. Некоторая информация о первом боевом походе «М-96» содержится в «Журнале боевых действий БОБР». 29 июля 1941 года «М-96» вернулась в Триги. Причиной этому явилось поломка дизеля. По одним данным лопнул обод кулачной муфты, связывающий дизель с гребным винтом, по другим – при срочном погружении из-за неисправности газоотвода дизель залило водой. 6 августа подводная лодка прибыла в Кронштадт, а затем в Ленинград, где встала на ремонт. Вскоре «М-96» стали готовить к перебазированию на Каспий, но после того как немцы блокировали Ленинград, субмарину вернули в боеготовое состояние.

    1 сентября 1941 года «М-96» вошла в состав 5-го дивизиона бригады ПЛ КБФ.

    Первую блокадную зиму подводная лодка провела в Ленинграде. 14 февраля 1942 года при стоянке у Тучкова моста в «М-96» попал снаряд, в результате чего затопило IV и V отсеки, и лодка села на грунт.

    Ремонт субмарины занял около четырех месяцев, поэтому в следующий боевой поход «М-96» вышла только 12 августа 1942 года (линия Таллин – Хельсинки, позиция № 9). Уже 14 августа в районе маяка Порккалан-Каллбода подводная лодка атаковала одной торпедой транспорт из состава конвоя противника. Уже через минуту на «М-96» услышали сильный взрыв. После пуска торпеды субмарина не удержалась на глубине и всплыла, показав над водой рубку. По словам командира, в этот момент он видел гибель цели. В реальности безуспешной атаке подлодки подвергся немецкий транспорт «Porto Allegre» (6105 брт). Находившиеся рядом тяжелые плавбатареи «SAT-2» («West») и «SAT-4» («Helene») открыли по обнаруженной субмарине артиллерийский огонь, попутно, так же безуспешно сбросив 11 глубинных бомб. По послевоенным заявлениям советской стороны жертвой атаки «М-96» стал финский транспорт «Helene» (1850 брт), который погиб 13 августа 1942 года у острова Рюген на британской донной мине, либо немецкая плавбатарея «SAT-4» («Helene») в 400 брт, благополучно перевшая войну и переданная союзникам по репарациям.

    В ночь на 15 августа «М-96» перешла в район Палдиски, где обнаружила конвой противника, но в виду малой ценности целей командир от атаки отказался. 19 августа, израсходовав топливо, субмарина направилась в базу, не известив об этом командование. Вечером 22 августа в районе Лавенсари подводная лодка подверглась преследованию своих сторожевых катеров. К счастью, все обошлось благополучно, и 25 августа «М-96» ошвартовалась в Кронштадте.

    В следующий боевой поход «М-96» вышла 8 ноября 1942 года. На борту субмарины, кроме обеспечивающего, командира 5-го дивизиона ПЛ Сидоренко Петра Антоновича, находилась разведгруппа из пяти человек, задачей которой был налет на немецкий радиопост и захват некой аппаратуры (возможно, шифровальной машинки «Enigma»). Вечером 11 ноября разведгруппа высажена в районе Нарвы у деревни Лимала. Разведчики добыли «языка», захватили документы и аппаратуру, но при возвращении разведгруппы на подводную лодку одна из шлюпок с людьми перевернулась, трое разведчиков и захваченный ими пленный утонули. Приняв на борт оставшихся в живых, подводная лодка вернулась в Кронштадт.

    В апреле 1943 года командиром лодки назначен капитан-лейтенант Карташов Николай Иванович, а Маринеско принял «С-13».

    В 1943 году «М-96» совершила два похода. Так как противник создал в Финском заливе мощные противолодочные заграждения, «малютка» действовала на мелководье, занимаясь визуальной разведкой.

    Первый поход с новым командиром прошел не совсем гладко. 19 июля 1943 года в районе банки Туолюла подлодка села на мель, повредив винт, ограждения рулей и корпус. Выполнив задачу по разведке района Хапасарских шхер, в ночь на 21 июля «М-96» прибыла на Лавенсари, а затем перешла в Кронштадт, где была поставлена в док.

    Второй поход кампании 1943 года проходил в районе острова Гогланд. Днем 28 августа субмарина прибыла на позицию, и на следующую ночь высадила на Гогланде группу разведчиков. 30 августа «М-96» сместилась к маяку Тийскери, где неоднократно обнаруживала сторожевые катера противника. В ночь на 1 сентября подводная лодка высадила на Гогланде вторую разведгруппу, после чего направилась в базу.

    Кампания 1944 года «М-96» открыла участием в Свирско-Петрозаводской операции. По планам советского командования утром 24 июня у Тулоксы должен быть высажен десант в составе 70-й отдельной морской стрелковой бригады под командованием подполковника А.В. Блака (всего 3169 человек). 18 июня подводная лодка перешла по Неве в Ладожское озеро, где сделала один выход к острову Валаам в целях разведки и прикрытия десанта. 13 июля лодка вернулась в Ленинград.

    12 августа подлодка перешла на Лавенсари для подготовки к выходу на позицию. 18 августа в условиях шторма при очередной дневной покладке на грунт в ожидании сумерек, «М-96» ударилась о грунт и повредила киль. В итоге, субмарине пришлось вернуться в Кронштадт на ремонт.

    В свой последний боевой поход с задачей разведки минных заграждений в Нарвском заливе «М-96» вышла 7 сентября. На борту субмарины в качестве обеспечивающего вышел оператор бригады ПЛ капитан 2 ранга Н.Н.Бутышкин. Назад подлодка не вернулась. Долгое время «М-96» числилась пропавшей без вести, пока в 2020 году не была обнаружена, и в 2021 году обследована экспедицией «Поклон кораблям Великой Победы». Корпус субмарины лежит на глубине 42 м курсом 210°. «М-96» погибла, подорвавшись на мине заграждения «Seeigel» в Нарвском заливе в точке с координатами 59°37’ с.ш./ 27°13’ в.д., вероятно, утром 10 сентября 1944 года во время ночной зарядки аккумуляторных батарей. Вместе с «М-96» на дне покоится 22 члена экипажа.

    Согласно отчету экспедиции: «Корпус подводной лодки лежит с креном на правый борт, и легким дифферентом на нос, практически не утонув в плотном грунте. Взрыв немецкой мины произошел под днищем лодки, с правой стороны, в районе позади правого носового горизонтального руля. В результате в корпусе лодки образовалась вмятина диаметром около метра, с рванной пробоиной прочного корпуса. После падения на грунт, от удара, носовая оконечность лодки надломилась в районе пробоины и накренилась в правую сторону. В остальном корпус подводной лодки не имеет повреждений, за исключением прогнивших элементов легкой надстройки. Орудие лодки 21-К находятся в походном положении, на стволе отсутствует дульная пробка, прицел снят.

    «М-96» на дне. Фото «Разведывательно-водолазной команды».

---

    Легкий корпус ограждения рубки полностью разрушился от воздействия рыбацких тралов и в результате коррозии. Верхний рубочный люк открыт, и будучи сорванным рыбацкими тралами лежит на дне под правым бортом лодки. Перископ лодки убран в тумбу. Все приборы мостика сорваны рыбацкими тралами и лежат на грунте или в обломках ограждения рубки. Осмотру доступен только телеграф, стойка которого загнута на 90 градусов. Ручка телеграфа в положении«Полный вперед». Винто-рулевая группа лодки на корме полностью доступна для осмотра. Кормовые горизонтальные рули находятся в положении «ноль». Руль направления повернут направо. Носовые горизонтальные рули осмотру не доступны. Кормовой аварийный люк закрыт. Аварийного буя на лодке нет, на его месте открытая полость».