Заложена 10 (по другим данным 20) января 1933 года на заводе № 198 в Николаеве под стапельным номером 240. 27 сентября 1933 года подводная лодка была спущена на воду. 5 февраля 1934 года «М-9» секциями по железной дороге отправлена на Дальний Восток, где на заводе № 202 (Дальзавод) во Владивостоке, подводная лодка была окончательно собрана. 5 июля 1934 года «М-9» вступила в строй, и вошла в состав Морских сил Дальнего Востока. Первым командиром субмарины стал Гаджиев М.И.

    9 августа 1945 года «М-9» встретила под командованием капитан-лейтенанта Андашева Виктора Петровича в составе 2-го отдельного дивизиона ПЛ. С началом боевых действий против Японии «М-9» заняла назначенный район с задачей несения базового дозора, но противник встречен не был, и подводная лодка благополучно вернулась в базу.

    28 ноября 1950 года «М-9» выведена из боевого состава и законсервирована. 19 января 1951 года подводная лодка передана Владивостокской организации ДОСФЛОТ для использования в учебных целях, но уже 1 сентября 1951 года сдана на слом.