Заложена 25 августа 1934 года на заводе № 198 (им. Марти) в Николаеве под стапельным номером 302. 15 сентября 1935 года подводная лодка спущена на воду, а затем перевезена по железной дороге в Ленинград, где 10 октября 1936 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.

    В сентябре 1938 года «М-79» под командованием старшего лейтенанта Ф.И.Иванцова чуть не стала причиной международного конфликта, когда в нейтральных водах ее попытался таранить финский броненосец береговой обороны «Vainamoinen». Лодка еле успела погрузиться, а данный случай лег в копилку взаимных обид, вылившихся в ноябре 1939 года в советско-финляндскую войну.

    Начало Зимней войны подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Афанасьева Владимира Константиновича в составе 24-го дивизиона 3-й бригады ПЛ КБФ в Таллине. В это время на корабле вели работы по смены кулачной муфты, а в начале 1940 года подлодка встала на усиленный текущий ремонт, который завершился к концу лета. К началу Великой Отечественной войны «М-79» перешла в Либаву и числилась в оргпериоде.

    22 июня 1941 года лодка встретила под командованием старшего лейтенанта (впоследствии капитан-лейтенанта) Автамонова Ивана Васильевича в составе 4-го дивизиона 1-й бригады ПЛ КБФ. В этот же день «М-79» заняла дозорную позицию на подходах к Либаве (обеспечивающий – командир «М-71» капитан-лейтенант Л.Н. Костылев). В ночь на 26 июня субмарина получила приказ оставить позицию, а так как Либава уже была занята противником, подлодке пришлось идти сначала в Усть-Двинск, а, так как Рига пала, следовать в Палдиски, куда она благополучно прибыла 1 июля.

    Сделав еще один дозорный поход в Рижский залив, «М-79» перешла в Таллин, откуда в составе конвоя № 1 вместе с другими кораблями КБФ 28-29 августа совершила печально известный переход в Кронштадт.

    22 ноября 1941 года лодка прибыла для ремонта в Ленинград и встала у стенки завода «Судомех». 15 декабря от близких разрывов немецких снарядов «М-79» получила осколочные повреждения – пробит прочный корпус выше ватерлинии, во 2-м отсеке образовалась пробоина 0,5Х0,5 м, часть ограждения рубки была разрушена. 4 апреля 1942 года лодка вновь получила повреждения от авиабомб. «М-79» встала на ремонт и в 1942 году в боевых действиях участия не принимала. В апреле 1942 года командиром «М-79» назначен старший лейтенант Кочетков Константин Сергеевич.

    Зимой 1942/1943 года подлодка использовалась для снабжения электроэнергией цехов Адмиралтейского завода.

    В июне 1943 года «М-79» начали готовить к переводу на Ладогу. 25 июня корабль вошел в состав Ладожской военной флотилии. 5 июля 1943 года по железной дороге лодку доставили на Ладожское озеро. За это время командиром субмарины назначен капитан-лейтенант Клюшкин Алексей Александрович. После восстановительного ремонта и курса боевой подготовки 29 сентября 1943 года «М-79» вышла в первый боевой поход на новом театре с задачей разведки портов Сортанлахти и Кексгольм, но 2 октября лодке пришлось вернуться из-за повреждения муфты Бамаг.

    До ледостава «М-79» еще четыре раза выходила в походы с разведывательными целями и высадки разведгрупы на территории противника.

    9 марта 1944 года капитан-лейтенант Клюшкин убыл к новому месту службы (был назначен командиром «С-4»). Лишь 5 июля на «М-79» назначен новый командир – капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга) Тращенко Семен Зосимович.

    Все лето 1944 года «М-79» простояла в базе. 20 августа по Неве субмарина перешла в Ленинград и 1 сентября возвращена в состав Краснознаменного Балтийского флота.

    Техническое состояние подлодки было тяжелым, и ее поставили на консервацию. 22 февраля 1949 года «М-79» разоружена, исключена из состава ВМФ СССР и сдана на разборку.