Заложена 20 января 1938 года на заводе № 112 (Красное Сормово) в Горьком под стапельным номером 254 и 5 октября 1939 года спущена на воду. 31 июля 1940 года подводная лодка вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота, но уже 21 сентября 1940 года перечислена в состав Черноморского флота, а затем по железной дороге перевезена на Дальний Восток, и 21 сентября 1940 года перечислена в состав Тихоокеанского флота.

    22 июня 1941 года корабль встретил под командованием старшего лейтенанта Капицына Бориса Спиридоновича в составе 7-го дивизиона 2-й бригады ПЛ ТОФ.

    В начале августа 1941 года лодка вышла в дозор на подходы к Владивостоку и в базу не вернулась. Вероятно, «М-63» погибла на мине советского оборонительного минного заграждения 10-18 августа 1941 года.

    Вместе с кораблем погиб 21 человек