Заложена 1932 году в Николаеве на заводе № 200 (по другим данным на заводе № 198) под стапельным номером 244. Спущена на воду 24 апреля 1933 года. Первым командиром «М-6» назначен Мазин Василий Александрович.

    В декабре 1933 года подводная лодка в ледовых условиях осуществила переход из Севастополя в Одессу, а затем за ледоколами из Одессы в Николаев. 25 января 1934 года «М-6» отправлена по железной дороге во Владивосток, куда прибыла в апреле 1934 года, и 13 июня 1934 года вошла в состав Морских сил Дальнего Востока.

    В 1934 году «М-6», выполняя учебную задачу, села на мель. В результате аварии подводная лодка получила повреждения – в носовой части образовались вмятины, и появилась трещина в корпусе. К счастью, после снятия субмарины с камней, вмятины удалось выправить, а трещину заварить. Уже зимой 1934-35 годов «М-6» совершала учебные выходы из базы подо льдом.