Заложена 29 августа 1934 года на заводе № 198 в Николаеве под строительным номером 301 как «М-78». 15 июля (по другим данным 25 мая) 1935 года подводная лодка спущена на воду под литерным обозначением «М-86». 4 ноября 1935 года субмарина вступила в строй, после чего она была погружена на железнодорожный транспортер и доставлена в Ленинград. 26 июня 1936 года «М-86» вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота. 19 августа 1939 года подводная лодка отправлена по железной дороге во Владивосток, где 27 октября 1939 года под командованием Гусарова Александра Георгиевича вошла в состав Тихоокеанского флота под обозначением «М-46».

    9 августа 1945 года субмарина встретила под командованием капитан-лейтенанта Сметанина Александра Павловича в составе 10-го дивизиона 3-й бригады ПЛ ТОФа в Советской Гавани. В боевых действиях «М-46» участия не принимала.

    28 ноября 1950 года подводная лодка исключена из состава ВМФ и разобрана на металл.