Заложена 7 июля 1933 года на заводе № 198 в Николаеве под заводским номером 254. 21 декабря 1933 года «М-13» спущена на воду, и 12 марта 1934 года по железной дороге отправлена во Владивосток, где на заводе № 202 (Дальзавод) была достроена. 14 июля 1934 года подводная лодка под командованием Чабаненко Андрея Трофимовича вошла в состав Морских сил Дальнего Востока.

    9 августа 1945 года «М-13» встретила под командованием старшего лейтенанта Гайнутдинова Усмана Гайнутдиновича в составе 6-го дивизиона 2-й бригады ПЛ ТОФа. В боевых действиях не участвовала.

    28 ноября 1950 года «М-13» выведена из боевого состава и законсервирована, а 18 января 1951 года разоружена и исключена из состава флота в связи со сдачей на слом.