Заложена 27 ноября 1939 года на заводе № 112 (Красное Сормово) в Горьком. Заводской номер С.282. 7 мая 1941 (по другим данным 31 декабря 1940) года подводная лодка была спущена на воду. 15 октября 1941 года Государственная комиссия подписала акт о приемке корабля от промышленности (по другим данным приемный акт утвержден 26 октября 1941 года).
1 октября (по другим данным 7 ноября) 1941 года «М-116» под командованием Зубарева Сергея тимофеевича, к тому времени доставленная по железной дороге на Дальний Восток, вошла в состав Тихоокеанского флота.
    В 1944 году Государственный Комитет Обороны, планируя активные действия ПЛ ЧФ у Балканского побережья, принял решение усилить Черноморский флот подводными лодками-«малютками».
    12 мая 1944 года «М-116» поднята на стенку завода № 202 во Владивостоке, погружена на железнодорожный транспортер и 5 июня отправлена на Черное море.
Подводная лодка «М-116».
    8 июля 1944 года субмарина прибыла в Поти и в тот же день зачислена в состав Черноморского флота. В это время кораблем командовал старший лейтенант Сморчков Евгений Матвеевич. К сентябрю 1944 года боевые действия на Черном море завершились, поэтому принять участие в них «М-116» не успела.
    17 августа 1953 года подводная лодка выведена из боевого состава флота и переформирована в учебно-тренировочную станцию, а 2 июня 1956 года исключена из состава флота и сдана на слом.