Заложена под стапельным номером 277 на заводе № 112 (Красное Сормово) в Горьком (Нижний Новгород) 25 октября 1939 года. 31 декабря 1940 года подводная лодка спущена на воду. По внутренним водным путям корабль переведен для достройки в Николаев. 22 июня 1941 года субмарина встретила под командованием капитан-лейтенанта Станкевича Иосифа Валерьяновича в составе 8-го дивизиона 2-й бригады ПЛ ЧФ в Очакове на ходовых испытаниях. 5 июля 1941 года «М-113» вошла в состав Черноморского флота.

    13 августа подводная лодка прибыла в Севастополь, где вскоре начала ремонт линии вала – выявился заводской брак. В начале октября субмарина перешла в Очемчири, где ремонт был продолжен.

    Вступив в строй 25 декабря 1941 года, 7 января 1942 года «М-113» направилась в первый боевой поход с задачей несения дозора в районе западнее Поти.

    В начале 1942 года перед советским командованием встал вопрос о привлечении малых подводных лодок типа «М» и «АГ» к действиям на вражеских коммуникациях в западной части Черного моря. Так как, базируясь на Поти, при своей автономности «малютки» и «американки» не могли долго находиться в зоне боевых действий, было принято решение об их переводе в Севастополь, где 12 февраля ошвартовалась «М-113».

    В ночь на 21 февраля подводная лодка направилась для разведки в Каламитский залив. На борту субмарины находился офицер штаба 2-й бригады ПЛ ЧФ капитан 2 ранга Зайдулин. Вечером 28 февраля «М-113» с дистанции 25 кбт обстреляла вражеский аэродром в Ново-Фёдоровке, выпустив 40 45-мм снарядов. Выполнив поставленную задачу, подводная лодка 1 марта благополучно вернулась в Севастополь. В конце марта – первой половине апреля «М-113» еще дважды выходила в поход с задачей разведки в Каламитском и Каркинитском заливах и подходов к Одессе.

    Патрулирование района острова Фидониси (позиция № 32) во второй половине апреля 1942 года было безуспешным. Подводная лодка дважды обнаруживала суда противника, но оба раза не смогла атаковать из-за мелководья и большой дистанции. В течение похода на корабле неоднократно возникали неисправности муфты «Бамаг», но субмарина продолжала оставаться на позиции.

    После проведения текущего ремонта и докования в Очемчири «М-113» в конце июля – начале августа (техническое состояние корабля не позволило подводной лодке осуществлять снабжение Севастополя) патрулировала близ недавно занятой противником Главной базы (позиции № 1 и № 2), но вражеских кораблей и транспортов не встретила.

    Следующее патрулирование у острова Фидониси ознаменовалось торпедной атакой. Вечером 26 августа из-за противолодочного зигзага «М-113» не смогла атаковать вражеский эсминец, но через несколько часов в 7 милях восточнее мыса Бурнас с дистанции 4 кбт выпустила торпеду по неизвестной подводной лодке. Спустя 38 секунд на «М-113» зафиксировали взрыв, но известно, что подводных лодок противника в этом районе быть не могло. Предположение, что жертвой торпед стала советская подводная лодка («Щ-208» или «Щ-212») так же не соответствует действительности, «Щ-212» найдена на месте гибели в другом месте, а «Щ-208» пропала без вести несколько южнее места атаки. Очевидно, целью «М-113» стал ложный контакт.

    31 августа «М-113» начала возвращение в базу. На переходе подводная лодка четыре раза подвергалась атакам самолетов противника. Во время одного из них, утром 2 сентября, когда «М-113» в надводном положении шла у берегов Керченского полуострова она была внезапно атакована немецким самолетом. Срочное погружение не спасло субмарину от повреждений. Когда подводная лодка была на 15-метровой глубине, близкие разрывы четырех фугасных бомб вывели из строя оптическую систему перископа и электропривод вертикального руля.

    Прибыв Хопи, и проведя необходимый ремонт, подводная лодка 20 сентября вышла на позицию № 44-45 нарезанную в районе мыс Олинька – мыс Мидия. Вечером 25 сентября в районе Портицкого гирла «М-113» разрядила торпедные аппараты по судну из состава конвоя противника. Спустя 42 секунды после того, как торпеды покинули субмарину, на подводной лодке зафиксировали взрыв. Через полчаса, осматривая в перископ горизонт, командир подлодки отметил отсутствие в составе конвоя атакованного танкера. Вероятно, атаке «М-113» подвергся танкер «Le Progress», счастливо переживший этот день. (21 октября 1942 года его потопит «М-35»). Во второй половине октября «М-113» снова патрулировала этот же район. Днем 21 октября подводная лодка из-за большой дистанции не смогла атаковать конвой противника, а по возвращении в базу встала на текущий ремонт.

    Кампанию 1943 года «М-113» начала 8 января. В этот день она направилась в район Ялта – мыс Опук (позиции № 47 и № 48), но кораблей и судов противника обнаружено не было. С нулевым результатом завершилось и следующее февральское крейсерство южнее мыса Тарханкут (позиция № 54). Правда, 17 февраля субмарина обнаружила конвой противника, но из-за большой дистанции и невыгодного курсового угла не смогла атаковать. Мартовское патрулирование так же не принесло результатов, (подводная лодка обслуживала позицию № 71, на коммуникации Констанца – Сулина, а с 30 марта действовала на линии мыс Олинька – Севастополь).

    Следующий боевой выход подлодки проходил в пределах позиции № 83 у Севастополя. Днем 30 мая западнее мыса Сарыч «М-113» наконец-то представился шанс отличиться, когда она разрядила торпедные аппараты по конвою десантных барж. Через 45 секунд на подводной лодке были слышны взрывы, но атакованные германские баржи «F-301» и «F-304» потерь не понесли, а сами контратаковали подводную лодку, сбросив на безопасном удалении от нее 4 глубинных бомбы. Еще один выход в этот же район подлодка провела под командованием командира 3-го дивизиона Жданова. Прежний командир был списан с действующего подплава на штабную должность по состоянию здоровья. Поход отметился лишь встречей с германской подводной лодкой «U-24», которую утром 17 июня «М-113» встретила, уже возвращаясь в базу. Советская субмарина посчитала себя атакованной и срочно погрузилась, в то время, как немка, приняв «малютку» за свою «U-20», пыталась выйти с ней на рандеву.

    После прибытия в базу на подводной лодке начались ремонтные работы. К началу сентября 1943 года «М-113» вступила в строй. К этому времени (28 августа 1943) командование подлодкой принял капитан 3 ранга Стрижак Александр Иванович. Под его командованием «М-113» впервые вышла в море вечером 6 сентября. Прибыв на позицию в районе мыса Тарханкут, уже через 6 часов «М-113» атаковала судно, шедшее в составе конвоя. Спустя 90 секунд на субмарине зафиксировали два взрыва. Немецкие данные говорят о том, что безуспешной атаке подвергся буксир «Lubeck» из состава конвоя, эскорт которого так же безрезультатно сбросил в предполагаемом месте нахождения субмарины 7 глубинных бомб. После того, как подводная лодка благополучно ушла от преследования, в ночь на 11 сентября она высадила разведгруппу в районе мыс Тарханкут – мыс Урет.

    Сентябрьский выход на позицию едва не стал для «М-113» последним. С 20 сентября подводная лодка патрулировала район у мыса Тарханкут (позиция № 82-а). Вечером 28 сентября в районе Евпатории (44°57'6 с.ш. /32°53'6 в.д.) «М-113» подорвалась на плавающей мине, сорванной с вражеского заграждения «S-46». В результате подрыва носовая часть до 9-го шпангоута оказалась оторванной, повреждены обшивка цистерны главного балласта № 1, оба торпедных аппарата, радиоаппаратура, ряд систем и механизмов. Внутрь корпуса поступила вода. Экипаж подводной лодки мужественно включился в борьбу за живучесть корабля. Утром 4 октября «М-113» самостоятельно прибыла в Поти и встала на аварийный ремонт.

    Пока на корабле проводились ремонтные работы, на подводной лодке сменился командир. 11 февраля 1944 года им стал капитан-лейтенант Волков Анатолий Иванович. 17 мая «М-113» вступила в строй начала отработку курса боевой подготовки. К этому времени Красная Армия почти полностью освободила советское побережье Черного моря. 13 марта 1944 года советские войска вошли в Херсон, 28 марта – в Николаев, 10 апреля – в Одессу. 9 мая был освобожден Севастополь. Несмотря на потерю баз, корабли Кригсмарине, базируясь на порты Румынии и Болгарии, продолжали действия на Черном море. Утром 6 июня при отработке задач боевой подготовки «М-113» на внешнем рейде Очемчири обнаружила подводную лодку противника (зарубежных данных нет, вероятно, ложный контакт), от которой уклонилась срочным погружением. (Возможно, при сходных обстоятельствах погибла «М-36» 4 января 1944 года).

    Вечером 23 июля «М-113» вновь приступила к боевым действиям. Подводная лодка вышла из Новороссийска, чтобы к утру 26 июля занять позицию № 21 в районе Констанцы. После отказа от атаки днем 27 июля двух германских больших охотников, подводная лодка утром 28 июля северо-западнее мыса Кара-бурун выпустила торпеду по десантной барже из состава отряда возвращавшегося с минной постановки перед устьем Дуная. Первая торпеда вышла штатно, но вторая на ? длины застряла в торпедном аппарате и, отработав в нем, создала аварийную ситуацию. Воздух торпеды, вытеснив воду из торпедного аппарата, привел к всплытию подлодки на глазах у противника. К счастью, немцы ограничились сбросом всего 5 глубинных бомб. Субмарина, срочно заполнив цистерны быстрого погружения, легла на грунт на глубине 48 м, а атакованные баржи вызвали на место атаки охотников за подводными лодками. К большой удаче подводников они не смогли обнаружить субмарину на дне. Лишь к вечеру следующих суток «М-113» сумела освободиться от застрявшей торпеды, создав дифферент корабля на нос и дав задний ход.

    Во второй половине августа субмарина обслуживала позицию № 42 в пределах района Мангалия – мыс Шаблер. На переходе в район действий «М-113» несколько раз обнаруживала U-боты противника, но каждый раз командир «малютки» отказывался от атаки, считая подводные лодки своими. Немцы же наоборот, потратили торпеду на «М-113», но, к счастью, промахнулись (отличилась «U-20» в ночь на 21 августа). В свою очередь, «М-113» днем 22 августа северо-восточнее мыса Шаблер неудачно атаковала германский конвой, состоящий из пары транспортов типа «KT» и сопровождавший их «раумбот». Атакованное судно «Ganter» (бывш. «Uj-110»), шедшее на буксире транспорта «Frankfurt» (бывш. «Uj-112»), счастливо избежало попадания. Сама подлодка в ответ получила 6 глубинных бомб, разрывы которых субмарине, приняли за признак удачной атаки.

    Благополучно прибыв в Новороссийск 24 августа 1944 года, подводная лодка, так как боевые действия на Черном море вскоре завершились, в них больше не участвовала.