Заложена на заводе № 112 (Красное Сормово) в Горьком (Нижний Новгород) 29 (по другим данным 30) октября 1940 года под стапельным номером 303. 10 апреля 1941 года корабль спущен на воду.

    Начало войны отодвинуло сроки сдачи подводной лодки флоту. В июле 1942 года командиром «М-106» назначен капитан-лейтенант Самарин Павел Семенович. Летом 1942 года ГКО принял решение о передаче «малюток» XII серии сормовской постройки Северному флоту. 10 сентября 1942 года «М-106 погружена на транспортер и по железной дороге направлена на завод № 402 в Молотовск (Северодвинск), куда благополучно прибыла 16 сентября. 9 октября 1942 года подводная лодка вторично спущена на воду. В начале декабря 1942 года субмарина перешла в Полярное и включена в состав Отдельного учебного дивизиона, где достраивалась, проводила приемные испытания и отрабатывала задачи боевой подготовки. 28 апреля (по другим данным 13 марта) 1943 года «М-106» вступила в строй и 11 мая вошла в состав 4-го дивизиона ПЛ СФ. Так как достройка корабля производилась на средства, собранные комсомольцами и молодежью Челябинской и Свердловской областей, приказом Наркома ВМФ от 28.04.1943 «М-106» присвоено имя «Ленинский комсомол».

    В середине мая и начале июня 1943 года подводная лодка дважды выходила в боевые походы, патрулируя позиции № 6 в Варангер-фьорде и № 4 северо-западнее Вардё. Лишь однажды, в июньском походе был обнаружен буксир, от атаки которого командир субмарины отказался из-за малоценности цели.

    Третий боевой поход стал для «М-106» последним. Вышедшая в район Когс-фьорда (позиция №3) днем 30 июня подводная лодка на связь не выходила и в базу не вернулась. Вероятно, «М-106» была потоплена у мыса Блудскютудде после попытки атаки группы немецких противолодочных кораблей из состава 12-й флотилии утром 5 июля. Обнаружив подводную лодку, охотники «Uj-1206», «Uj-1212», «Uj-1214» и «Uj-1217» сбросили на нее 73 глубинных бомбы, а после того, как поврежденная субмарина всплыла, «UJ-1217» потопил ее таранным ударом. Возможно, данный эпизод имеет отношение к гибели «Щ-422», не вернувшейся с соседней позиции, а причиной гибели «М-106» стал подрыв на мине заграждений «NW-30» или «Sperre-III», либо атака немецкого гидросамолета «BV-138» из состава 3/KFGr 406 днем 8 июля.

    Вместе с подводной лодкой погибло 23 моряка.