Заложена 23 октября 1938 года на заводе № 198 в Николаеве под стапельным номером 355 и 26 февраля 1941 года спущена на воду.

    22 июня 1941 года «Л-25» встретила под командованием капитан-лейтенанта Никифорова Михаила Ивановича в составе Отдельного дивизиона ПЛ ЧФ у достроечной стенки в Николаеве при готовности 63,2%. 11 августа 1941 при приближении фронта к Николаеву лодку перевели сначала в Очаков, а затем в Севастополь, Туапсе, Поти. Денег на достройку корабля не нашлось, да и мощностей небольшого судоремонтного завода в Поти не хватало. 1 декабря 1941 «Л-25» законсервирована и поставлена на отстой в Очамчире. 7 января 1942 штаты на корабле закрыли.

    Только через три года было принято решение о достройке подводной лодки. К тому времени боевые действия на Черном море завершились, но минная опасность существовала.

    18 декабря 1944 года началась буксировка «Л-25» (командир капитан 3 ранга Грешилов Михаил васильевич) в Севастополь (по другим данным в Поти). Вскоре море заштормило и маломощный буксир «СП-31», за которым шла лодка, перестал выгребать против волны, а когда на нем стало заканчиваться горючее, отдал буксирный трос и направился за помощью, оставив лодку в двух милях у устья реки Хопи. 19 декабря на помощь «Л-25» вышел сторожевой корабль «Шквал», который продолжил буксировку, но к этому времени через неплотно закрытые крышки торпедных аппаратов внутрь лодки стала поступать вода. «Л-25» получила дифферент на нос, лодка все хуже всходила на волну, а вскоре начала принимать положение близкое к вертикальному. Вскоре «Л-25» затонула в 15 милях от мыса Пицунда. «Шквалу» ничего не оставалось делать, как снять с нее экипаж. Поскольку глубина в месте гибели лодки составляет 633 метра, то поднимать ее не стали.

    Впервые о гибели «Л-25» заговорили в 70-х годах, но причиной гибели указывалось подрыв на мине, чтобы скрыть халатность командования Потийской Военно-Морской базы и Бригады подплава, которые были ответственны за гибель корабля.