Заложена 31 декабря 1938 года на заводе № 194 в Ленинграде под стапельным номером 511. 17 декабря 1939 года спущена на воду и 7 мая 1941 года под заводским флагом передана КБФ. Через месяц подводная лодка вступила в строй и 28 июня 1941 года официально вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.

    Начало Великой Отечественной войны подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Максимова Владимира Васильевича в составе Учебной бригады ПЛ в Кронштадте, где завершала программу испытаний. Степень технической готовности корабля составляла 98%.

    Уже 11 июля подводная лодка перешла в Таллин, откуда 13 июля, всего через 15 дней после вступления в состав флота, направилась в район Карлскрона – остров Борнхольм (позиция № 2). Патрулирование указанного района не принесло результата. Командир подводной лодки, видя неподготовленность экипажа, вел себя достаточно пассивно. Большую часть времени подводная лодка находилась на глубине 20-25 м достаточно далеко от берега, лишь изредка подвсплывая под перископ. Единственная встреча с противником произошла при возвращении в базу, когда в ночь на 2 августа в проливе Соэловяйн, «Щ-406» обнаружила германскую «U-144». Подводные лодки уклонились друг от друга погружением, и утром 2 августа «Щ-406» благополучно прибыла в Триги. 5 августа подводная лодка перешла в Кронштадт.

    Здесь «Щ-406» ждала смена командира. Подводя итоги ее первого похода, командование учло слабую подготовку экипажа подводной лодки. Кроме того, 22 сентября 1941года капитан-лейтенант Максимов самовольно отлучился с корабля в Ленинград, чтобы, по его словам, проститься с эвакуирующейся сестрой. По возвращении на подводную лодку 24 сентября он был арестован. Военный трибунал расценил поступок Максимова как трусость и дезертирство (как раз в эти дни немецкая авиация проводила массированные бомбардировки Кронштадта) и 24 ноября приговорил его к расстрелу. Новым командиром «Щ-406» назначен бывший старпом капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга, капитан 2 ранга) Осипов Евгений Яковлевич.

    С 26 октября подводная лодка находилась в Кронштадте в готовности к походу. 9 ноября субмарина получила приказ перейти в Ленинград. Переход осуществлялся совместно с «Щ-405» и проходил в непростой ледовой обстановке в обеспечении ледокола. В ночь на 10 ноября караван отправился в путь. Подводные лодки шли в полной темноте, так как днем Морской канал простреливался немецкой артиллерией из района Петергоф – Стрельна. В пути «Щ-406», шедшая последней, отстала; ледовая крошка забилась в машинный кингстон системы охлаждения дизелей и смерзлась там. Пока устраняли неисправность, стало светать, корабль стоял в центре канала, лед плотно окружил подводную лодку, полностью затянув пробитый фарватер. С трудом освободившись из ледового плена «Щ-406» продолжила путь. К счастью, немецкая артиллерия молчала.

    Первую блокадную зиму «Щ-406» провела у борта плавбазы «Полярная звезда» в Ленинграде, начав кампанию 1942 года в составе первого эшелона подводных лодок, выходивших на коммуникации противника. 14 июня подводная лодка перешла в Кронштадт, вечером 21 июня на Лавенсари, откуда в ночь на 24 июня вышла на позицию в район Стокгольма (позиция № 5).

    Форсируя Финский залив, в ночь на 25 июня при уклонении от сторожевых кораблей противника «Щ-406» несколько раз ударялась о грунт, повредив в носовой части легкий корпус, а затем в районе банки Калбодагрунд подверглась атаке самолета. Бомбы взорвались неподалеку. На подводной лодке вышло из строя управление вертикальными и горизонтальными рулями, и нарушилась изоляция аккумуляторной батареи, повреждены перископы. Впрочем, один из перископов быстро исправил штурманский электрик старшина 2 статьи Лапшонков. Для устранения повреждений субмарина была вынуждена лечь на грунт. Наконец, 28 июня подводная лодка завершила форсирование Финского залива и спустя двое суток заняла указанный район. Тогда же «Щ-406» получила приказ включить в зону своих действий район Норчепингской бухты (позиция № 4, действовала там с 4 по 8 июля).

    Утром 6 июля в 5 милях севернее маяка Хевринге Осипов провел свою первую торпедную атаку по транспорту из состава конвоя. Через 2,5 минуты на подводной лодке слышали два взрыва и посчитали судно потопленным. Был атакован транспорт из конвоя под эскортом шведских кораблей. Торпеды взорвались, ударившись о скалу Геддан. Сторожевой корабль «Капарен» так же безуспешно сбросил на большом удалении от подводной лодки 9 глубинных бомб.

    Спустившись южнее к маяку Херадшер днем 7 июля с дистанции 8 кбт «Щ-406» вновь атаковала конвой. Через 1 минуту после пуска торпеды на подводной лодке был услышан взрыв большой силы. На субмарине посчитали цель пораженной. Ни германская, ни шведская сторона не указывают, какое судно подверглось нападению, соответственно не подтверждая успех атаки. Реальный успех пришел на следующий день. На исходе 8 июля «Щ-406» в 9 милях восточнее маяка Сандсенкан атаковала одиночное судно. Торпеда поразила германскую шхуну «Фидес» (545 брт), которое удержалось на плаву только благодаря находившемуся на борту грузу леса.

    Шведы не раз протестовали по поводу атак шведских судов советскими подводными лодками. Не желая дальнейших инцидентов, Нарком ВМФ СССР адмирал Н.Г. Кузнецов приказом от 14 июля запретил атаки в территориальных водах Швеции. Поскольку коммуникации проходили вдоль берега, подводным лодкам, развернутым у шведского побережья, было приказано перейти на новые позиции. 16 июля «Щ-406» перешла для действий в Аландское море, но и здесь суда под шведским флагом попали под удар, хотя по прибытии в новый район подводная лодка три раза по разным причинам отказывалась от атаки.

    Днем 22 июля в 13 милях западнее Мариенхамна «Щ-406» выпустила две торпеды по транспорту из состава конвоя. Услышав после пуска торпед два сильных взрыва на «Щ-406» посчитали транспорт потопленным. В действительности торпеды прошли вблизи шведского судна «Беле». Сопровождавшие конвой эсминцы «Норчёпинг», «Карлскрона» и сторожевик «Капарен», наводимые гидросамолетом, безрезультатно сбросили на подводную лодку 56 глубинных бомб.

    Спустя три дня в 8 милях северо-восточнее маяка Симпнесклубб «Щ-406» выпустила две торпеды по транспорту из состава конвоя. На подводной лодке слышали два взрыва, но эскорт не преследовал лодку. Возможные жертвы нападения оставляют без комментариев данную атаку.

    На подводной лодке подходили к концу топливо и продовольствие. 28 июля «Щ-406» начала возвращение в базу и 30 июля притупила к форсированию Финского залива. 1 августа глубинная бомба с финского катера чуть было не погубила субмарину: повреждены носовая дифферентная цистерна и цистерна быстрого погружения. В ночь на 3 августа подводная лодка прибыла в Нарвский залив для встречи с катерами, которые должны были сопровождать возвращавшиеся с позиций подводные лодки «Щ-406» и «Щ-303» до базы. Командование Островного района не смогло должным образом организовать встречу, зато вместо наших катеров появились корабли противника, которые устроили охоту за подводными лодками. Осипов решил самостоятельно идти на Лавенсари, куда лодка прибыла вечером 7 августа. В ночь на 9 августа «Щ-406» ошвартовалась в Кронштадте.

    Командование высоко оценило второй поход «Щ-406», засчитав на счет подводной лодки уничтожение 5 судов противника общим водоизмещением более 29.000 тонн. Командиру подводной лодки Е.Я. Осипову присвоили звание Героя Советского Союза, сам корабль награжден Орденом Красного Знамени (оба приказа объявлены 23 октября 1942 года). Не был забыт и экипаж подводной лодки, удостоенный орденов и медалей.

    После межпоходового ремонта «Щ-406» снова вышла в море в ночь на 21 октября. В это время на вражеских коммуникациях развертывался третий эшелон подводных лодок КБФ. В условленной точке эскорт оставил лодку, и она, погрузившись, направилась в северную часть Данцигской бухты (позиция № 2). К началу суток 24 октября «Щ-406» без особых происшествий завершила форсирование Финского залива и 26 октября заняла указанный район у маяка Брюстерорт. Уже вечером этого же дня подводной лодке представилась возможность атаковать. Из надводного положения «Щ-406» выпустила две торпеды по одиночному судну, водоизмещение которого Осипов оценил в 12.000 тонн. Одна торпеда затонула, задев за срез торпедного аппарата, другая попала в правый борт транспорта. На подводной лодке зафиксировали сильный взрыв и крен судна. Желая окончательно добить судно, через семь минут подводная лодка повторила атаку. Две выпущенные торпеды прошли мимо. Ни противник, ни нейтралы не комментируют эту атаку. Объект нападения так же неизвестен. Во многих источниках жертвой этой атаки называют пароход «Меркатор» (4.660 брт), однако это судно по ошибке потоплено немецкой подводной лодкой «U-31» 1 декабря 1939 года в Бискайском заливе.

    Продолжая патрулирование района, подводная лодка переместилась к маяку Стило, где днем 28 октября атаковала одиночно идущее судно. Торпеда прошла мимо. Осипов, опознав принадлежность судна Швеции, от повторной атаки отказался. Возможно, в этот день повезло шведскому пароходу «Тиланд». Вечером того же дня «Щ-406» обнаружила судно, оцененное командиром в 8.000 тонн, шедшее без охранения. По нему был дан залп из двух торпед, но они прошли мимо. Подводная лодка начала преследование цели, и около полуночи повторила атаку, но торпеду сбило с курса. Через полчаса была выпущена еще одна торпеда, которая попала в цель. Судно разломилось на две части и затонуло. Приблизившись к месту гибели транспорта (54°58' с.ш./17°26' в.д.), «Щ-406» подобрала из воды 7 человек. От них командир подводной лодки узнал, что на этот раз жертвой атаки субмарины стало шведское судно «Бенгт Стуре» (872 брт), которое доставило в Данциг железную руду и возвращалось в Швецию с грузом угля. Капитан парохода Стурре Хедберг, первый штурман Ион-Арне Вальтер, второй штурман Пер-Ивар-Альфред Каппели, механик Густав Руслинд, матрос Нильс Фрик, кок Эскиль Телин и буфетчица Кетти-Мария фон Хамм взяты на борт подводной лодки. Остальные члены экипажа потопленного судна (8 человек) погибли.

    Последнюю оставшуюся торпеду «Щ-406» использовала для атаки, которая произошла вечером 1 ноября в 8 милях севернее маяка Риксгафт. Финский пароход «Агнесс» в 2.983 брт с грузом кокса пошел ко дну. Вместе с судном погибли 4 человека.

    Оставшись без торпед «Щ-406» начала возвращение в базу. Происшествий, за исключением двух случаев касания минрепов при прохождении минного заграждения «Зееигель», не было. 7 ноября «Щ-406» прибыла на Лавенсари, где передала пленных шведов коменданту Островного района. Их дальнейшие следы теряются. Известно, что до декабря 1942 года они допрашивались разведотделом флота. По данным И.Г. Устименко их видел в лагере для военнопленных № 7099 под Карагандой финн Хейно Йоента.

    Вечером 10 ноября «Щ-406» прибыла в Ленинград для ремонта и зимней стоянки. К концу апреля 1943 года корабль был подготовлен к боевому походу. В ночь на 1 мая «Щ-406» совместно с «Щ-323» начала переход в Кронштадт. У выхода огражденной части Морского канала на «Щ-406», которая шла головной, вышел из строя гирокомпас. Подводные лодки поменялись местами. Вскоре «Щ-323» подорвалась на неконтактной мине и затонула. «Щ-406» прибыла в Кронштадт. В ночь на 25 мая субмарина перешла на Лавенсари для выхода на позицию, расположенную в северной части Данцигской бухты. В ночь на 29 мая тральщики и сторожевые катера проводили «Щ-406» до точки погружения на Восточном Гогландском плесе. Больше подлодку никто не видел.

    В начале мая 2017 года экспедицией «Поклон кораблям Великой Победы», примерно в миле севернее острова Большой Тютерс в точке с координатами: 59 52,95’/27 10,90’ на глубине 59 м обнаружен остов советской субмарины X-бис серии. В ходе дальнейшего обследования объекта, было установлено, что корпус подлодки имеет характерные элементы противоминной защиты, что указывает, что найдена именно «Щ-406».

    Корпус подлодки лежит на глинистом дне курсом 280-290° с легким креном на правый борт и дифферентом на нос, утонув в грунте по ватерлинию. Согласно отчету экспедиции:

    «…Осмотру доступна только рубка и верхняя часть корпуса, за исключением кормовой оконечности, которая видна целиком.
    Корпус лодки полностью цел, кроме места взрыва мины на правом борту лодки у носового горизонтального руля: место взрыва более 1м в диаметре, прочный корпус имеет пробоину более полуметра в диаметре, осмотру доступна верхняя часть места взрыва, нижняя часть в илу.
    Защитные щитки ниш кормовых торпедных аппаратов отсутствуют. Ниши носовых торпедных аппаратов осмотру не доступны. Все доступные осмотру торпедные аппараты закрыты.
    Якорь находится на левом борту и убран в клюз.
    Оба орудия лодки 21-К находятся в походном положении, стволы заткнуты дульными пробками, прицелы сняты.
    Рубка лодки сохранилась почти полностью, и подвержена лишь незначительным разрушениям от коррозии, и возможной бомбардировки остова лодки глубинными бомбами.
- Разбиты все стекла в окнах рубки.
- Отвалился и лежит на палубе радиопеленгатор, выломавший часть передней стенки ограждения мостика.
- С левого борта загнуто леерное ограждение носового орудия.
- Местами на рубке от коррозии отвалились противоминные поручни.
    Верхний рубочный люк открыт, нижний рубочный люк не доступен для осмотра из-за заиленности. Зенитный и командирский перископы опущены и повернуты на нос.
    На мостике виден нактоуз с закрытой защитной крышкой. На перископных тумбах закреплены магнитный компас и репитер гирокомпаса, с закрытыми защитными крышками, машинный телеграф поверхностного хода, ручки которого стоят в положении "стоп". По бортам мостика находятся вертлюги для зенитных пулеметов.
    Винто-рулевая группа лодки частично доступна для осмотра. Кормовые горизонтальные рули находятся в положении «ноль». Руль направления повернут направо. Носовые горизонтальные рули осмотру не доступны.
    Лодка имеет противоминную деревянную обрусовку корпуса в носу и корме, по краям палубы и на рубке установлены дополнительные обмотанные резиной поручни, все выступающие части лодки обмотаны резиновой лентой.
    На лодке установлены оба аварийных буя, носовой разрушен взрывной волной от мины.
    Носовой аварийный люк закрыт, кормовой приоткрыт на несколько сантиметров.
    Сверху на корпусе лодки, слева от носового орудия лежит якорь от немецкого противотрального защитника RB».

    «Щ-406» погибла утром 29 мая 1943 года на линии мин заграждения «Зееигель-13», которое было выставлено в июле 1942 (120 мин «EMB» с углублением 20 и 25 м и 410 «UMA» с углублением 10 и 20 м). Немецкий корабельный дозор наблюдал взрывы трех мин (один из них зафиксирован 09.55 по Берлину), после чего на поверхности воды обнаружен слой масла.

    Фатальным для «Щ-406» стал взрыв противолодочной мины «UMA», минреп которой был зацеплен правым носовым горизонтальным рулем субмарины, который притянул мину к борту. Часть экипажа подлодки в кормовых отсеках и центральном посту пережили взрыв. Попытка подводников выйти из кормового аварийного люка не удалась; получилось лишь приоткрыть его на несколько сантиметров. Рубочный люк они сумели открыть, что свидетельствует о том, что через него удалось провести эвакуацию. По крайней мере, подлодку сумел покинуть один человек. Согласно финским данным 6 июня 1943 года у побережья острова Ристисаари в районе Котки (примерно 28 миль к северо-западу от места гибели субмарины) было обнаружено тело советского подводника в гидрокостюме и дыхательном аппарате. Он был похоронен там же, на острове. Вероятнее всего это был один из 40 членов экипажа «Щ-406».