Заложена 25 декабря 1934 года в Ленинграде на заводе № 189 под стапельным номером 262 и обозначением «Щ-316». 27 декабря 1935 года подводная лодка спущена на воду, 26 сентября 1936 года вступила в строй и 1 ноября 1936 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота. 16 мая 1937 года кораблю присвоено обозначение «Щ-404». 28 мая 1937 года субмарина начала переход на Север по Беломоро-Балтийскому каналу, и 30 июня 1937 года вошла в состав 2-го дивизиона ПЛ СФ.

    В середине февраля 1938 года «Щ-404» под командованием И.А. Колышкина, находясь в районе 30-40 миль к северу от мыса Нордкин, совместно с подводными лодками «Д-3», «Щ-402» и эсминцем «Карл Либкнехт» обеспечивала связь в ходе операции по спасению полярников станции «СП-1». Плавание проходило в сложных условиях зимнего шторма и полярной ночи. 19 февраля четыре участника экспедиции во главе с И.Д. Папаниным после 274-суточного дрейфа были сняты со льдины ледоколами «Таймыр» и «Мурман», а обеспечивающие корабли получили приказ вернуться в базу.

    В декабре 1938 года командиром «Щ-404» стал капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга) Иванов Владимир Алексеевич, сменивший не долго командовавшего подлодкой Н.А. Лунина, который к этому моменту был арестован органами НКВД. 18-29 апреля 1939 года «Щ-404» совместно с подводными лодками «Д-2», «Щ-402» и «Щ-403» приняла участие в обеспечении беспосадочного перелета самолета «ЦКБ-30» (прототип бомбардировщика «ДБ-3»; который носил собственное имя «Москва») экипажа В.К. Коккинаки в Северную Америку по маршруту Москва – Новгород – Хельсинки – Тронхейм – Исландия – мыс Фарвель – остров Мискоу. В Баренцевом море подлодкам пришлось выдержать шторм с силой ветра до 11 баллов. Ударами волн на «Щ-404» были сорваны несколько металлических листов надстройки и подводный якорь.

    К началу Советско-финской войны «Щ-404» уже неделю находилась в дозоре у мыса Маккаур. С открытием боевых действий подлодке было приказано не допустить проникновения иностранных кораблей в Варангер-фьорд и к полуострову Рыбачий. В норвежские территориальные воды заходить запрещалось, но в случае обнаружения кораблей противника разрешалось выходить за пределы позиции на 6 миль южнее и западнее.

    В ходе «Зимней» войны «Щ-404» провела три патруля (второй – во второй половине января 1940 года у мыса Нодкин; третий – во второй половине февраля – начале марта у Вардё), которые ничем особенным отмечены не были. В первой половине 1940 года корабль был перечислен в состав 3-го дивизиона БПЛ СФ; в его составе «Щ-404» встретила начало Великой Отечественной войны. В этот момент подлодка находилась в Полярном. В середине 1940 года «Щ-404» прошла текущий ремонт, но на корабле оставалась старая аккумуляторная батарея, которая эксплуатировалась с апреля 1939 года. По уровню боевой подготовки подводная лодка находилась во 2-й линии. Уже днем 22 июня «Щ-404» перешла в Йокангу, откуда рано утром 23 июня была отправлена в дозор к горлу Белого моря в район между банкой Большая Панфилова и губой Панфиловская (позиция № 8) с задачей не допустить вероятного прорыва кораблей противника в Белое море. На подходах к позиции подлодка встретила сплошной крупнобитый лед, и 24 июня вернулась в Йокангу.

    В июле – августе «Щ-404» сделала еще два выхода в дозор к горлу Белого моря. Противника она не встретила, зато немецкая подлодка «U-451» вечером 11 августа обнаружила «Щ-404», но, к счастью, не атаковала. Несмотря на то, что на начальном этапе войны действия «щуки» сводились к защите своих внутренних коммуникаций, экипаж «Щ-404» вскоре понес первые потери. 13 июля в районе маяка Гавриловский германские эсминцы из состава 6-й флотилии в ходе первой набеговой операции у Кольского побережья уничтожили небольшой советский конвой под охраной сторожевика «Пассат». Среди погибших на «Пассате» были находившиеся на его борту в качестве пассажиров четыре подводника с «Щ-404»: лейтенанты М.А. Бродецкий (штурман) и Е.М. Тараданов (минёр), старшины 2 статьи А.И. Рыбаков (командир отделения штурманских электриков) и В.М. Богданов (шифровальщик).

    24 августа «Щ-404» перешла в Архангельск, где на заводе «Красная Кузница» провела текущий ремонт с докованием. 17 сентября подлодка отправилась в Йокангу, откуда в первых числах октября сделала еще один дозорный выход в горло Белого моря. Утром 3 октября «Щ-404» атаковал неизвестный самолет (возможно, разведчик с британского крейсера «London»). Он сбросил на субмарину две бомбы, которые, взорвались на безопасном расстоянии от подводной лодки.

    27 октября «Щ-404» перешла в Полярное, а затем в Мурманск, где на слипе местного судоремонтного завода Наркомрыбпрома провела ремонтные работы. 2 декабря подлодка вновь вступила в строй.

    В свой первый по-настоящему боевой поход субмарина отправилась 15 декабря. Ей предстояло действовать на позиции № 4 в районе между мысом Нодкап и Тана-фьродом. Первый контакт с противником, как и для большинства советский подлодок, завершился для «Щ-404» неудачей. В ночь на 19 декабря у северо-восточной части полуострова Нордкин, субмарина, которая в этот момент находилась в надводном положении, в условиях плохой видимости обнаружила, что находится внутри ордера вражеского конвоя, который идет на восток. Один корабль сопровождения находился справа по борту, остальные, транспорт и два сторожевика, по левому. Подлодка попыталась атаковать один из кораблей, но была замечена и контратакована перекрестным артиллерийско-пулеметным огнем. «Щ-404» успела погрузиться, когда тральщик «M-1505» начал сбрасывать глубинные бомбы. Всплыв через два часа, подлодка уже ничего не обнаружила.

    Первая торпедная атака «Щ-404» состоялась вечером 29 декабря 1941 года восточнее мыса Слетнес. Подлодка обнаружила конвой, когда снова находилась в надводном положении и проводила зарядку аккумуляторов. Оставаясь незамеченной в темной части горизонта. «Щ-404» с дистанции 10-12 кбт выпустила две торпеды по судну в 3000 тонн, которое сопровождалось тремя сторожевиками. Через полторы минуты на подлодке зафиксировали глухой взрыв, цель после этого не наблюдалась. Уклоняясь от атаки кораблей эскорта, субмарина погрузилась, вскоре услышав еще восемь взрывов, предположительно глубинных бомб. Транспорт посчитали потопленным. Противник не комментирует этот эпизод, возможно, были атакованы тральщики «M-1503» и «M-1506» (мобилизованные траулеры) из состава 15-й флотилии.

    Значительную часть времени патрулирования «Щ-404» несла службу в условиях сильных штормов, а так как ее аккумуляторная батарея субмарины была сильно изношена, подлодка была вынуждена отходить вне видимости берега, пережидая шторм в надводном положении. В итоге, ударами волн на подлодке оборвало антенны, поэтому вечером 5 января 1942 года «Щ-404» покинула позицию и начала возвращение в базу без разрешения командования, так как командир субмарины не был уверен в исправности радиоприемника.

    Вечером 7 января «Щ-404» прибыла в Полярное, где ее ждал навигационный ремонт с долгожданной заменой аккумуляторов, емкость которых к этому моменту не превышала 50% от расчетной.

    Вступив в строй 24 января, вечером 6 февраля «Щ-404» вышла на позицию № 2а (район восточнее Тормсё). Помимо патрулирования района, задачей подлодки была высадка разведгруппы на побережье противника, что с первого раза из-за погодных условий сделать не удалось. До 19 февраля подлодка патрулировала район у острова Ваней, периодически отходя в район зарядки, пережидая шторм. Наконец, вечером 20 – утром 21 февраля «Щ-404» предприняла еще одну попытку доставить разведгруппу на берег, но в ходе высадки две шлюпки перевернулись. Люди сумели выбраться на берег, но радист разведчиков остался на подлодке. После короткого поиска противника в проливах Брей-сунд и Рольвсё-сунд подлодка направилась в базу, и вечером 3 марта прибыла в Полярное.

    Седьмой боевой поход «Щ-404» был отмечен торпедной атакой, в ходе которой подводная лодка открыла счет. Вечером 29 марта субмарина вышла в район Тана-фьорда (позиция № 4) и уже днем 31 марта в устье Конгс-фьорда с дистанции 10 кбт выпустила две торпеды по судну, оцененному командиром подлодки, в 5-6000 тонн, которое шло на восток в сопровождении двух тральщиков. Через 80 секунд на «Щ-404» был зафиксирован взрыв, что дало подводникам основание считать, что торпеды достигли цели. По данным противника, германский конвой, состоящий из транспортов «Almora» (2522 брт), «Admiral Karl Hering» (1436 брт) и танкера «Oleum» (476 брт) в сопровождении противолодочных кораблей 11-й флотилии заметил атаку подлодки и потерь не понес. В ответ охотники «Uj-1104» и «Uj-1109» сбросили три глубинных бомбы. Через 20 минут желая пронаблюдать за результатом атаки, подлодка всплыла под перископ и обнаружила за кормой неприятельский сторожевик без хода. «Щ-404» начала занимать позицию для нового залпа, но снова услышала взрывы, которые на подлодке расценили как очередную серию сбрасываемых глубинных бомб. Они загнали ее на глубину, поэтому от новой атаки пришлось отказаться.

    Успех пришел на следующий день. Вечером 1 апреля восточнее входа в Бос-фьорд «Щ-404» тремя торпедами атаковала шедший на запад транспорт «Michael» (2793 брт) с грузом железной руды. Его охраняли сторожевики «V-6112» («Friese»), «V-6114» («Alane») и «V-6115» («Salier»). Две торпеды попали в цель. В момент залпа подлодка не удержала глубину, выдав свое местонахождение, после чего, произведя срочное погружение, легла на грунт. Сопровождение транспорта не оставило безнаказанной гибель судна. За два с половиной часа сторожевые корабли сбросили на подлодку 38 глубинных бомб. В результате близких разрывов на «Щ-404» начали пропускать воду клапана турбонасоса и трюмной помпы, было разбито три бака аккумуляторной батареи, вышла из строя часть освещения.

    Полученные повреждения не сказались на боеспособности субмарины, и она продолжила патрулирование. 2 апреля, согласно плану, она должна была снять с берега разведгруппу, но в условленном месте в назначенное время сигналов с берега не было.

    Днем 3 апреля у мыса Хьёльнес «Щ-404» упустила шанс увеличить счет, сорвав атаку на танкер в 8-9000 тонн. Из-за ошибки личного состава БЧ-3 торпеды не вышли из аппаратов, так как не был включен автомат-коробка торпедной стрельбы. Ситуацию усугубил отказ кормовых горизонтальных рулей, которые заклинило в положении «на погружение». Подлодка произвольно легла на грунт на глубине 51 м, К счастью, сопровождавшие судно сторожевики не заметили присутствие субмарины. Снявшись с грунта, подлодка продолжила движение, вечером 3 апреля наконец-то приняв на борт разведчиков. Утром 6 апреля «Щ-404» прибыла в Полярное.

    Несмотря на то, что патрулирование подлодки было успешным, по возвращении в базу за срыв атаки от 3 апреля был арестован и привлечен к суду военного трибунала минер «Щ-404» старший лейтенант Михаил Николаевич Синяков. (К счастью для него, все обошлось без серьезных последствий, в мае 1944 года он в звании капитан-лейтенанта проходил службу флагманским минером 3-й бригады торпедных катеров СФ).

    В конце апреля – начале мая «Щ-404» действовала в районе так называемого Лоппского моря (позиция № 2), с задачей прикрытия союзных конвоев «PQ-15» и «QP-11», после чего провела безуспешный поиск противника на шхерных коммуникациях между островами Арнё и Лоппа. Вернувшись в Полярное, субмарина вскоре перешла на судоремонтный завод Наркомрыбпрома в Мурманске, где 14 мая начала ремонт. Работы совпали с бомбардировками города немецкой авиацией; в этот период он бомбился практически ежедневно. Если днем 2 июня повреждения полученные лодкой от взрыва неподалеку были незначительны, то утром 30 июня взрыв 250-кг авиабомбы в 14 м от кормы расширил фронт ремонтных работ. Легкий корпус корабля, его надстройка и ограждение рубки получили около 160 осколочных пробоин, а прочный корпус – 13 с проникновением осколков внутрь подводной лодки. Так же был поврежден торпедный аппарат №5, трубопроводы топливной и масляной систем дизелей. Дополнительные работы по устранению повреждений задержали ввод субмарины в строй до середины сентября 1942 года.

    В девятый боевой поход для действий на позиции № 6 в Варангер-фьорде «Щ-404» вышла вечером 16 сентября. Днем 22 сентября подлодка обнаружила транспорт, по оценке командира субмарины в 5500 тонн, в сопровождении трех кораблей противника. С дистанции 10-12 кбт «Щ-404» выпустила две торпеды по судну, а через 95 секунд в отсеках подлодки был услышан глухой взрыв. Через 19 минут после залпа субмарина всплыла на перископную глубину, чтобы пронаблюдать за результатом атаки, но, едва подняв перископ, обнаружила сторожевик идущий прямо на нее. Снова погрузившись «Щ-404» начала отход под защиту своих артиллерийских батарей на полуострове Рыбачий, в то время когда охотники «Uj-1103», «Uj-1104», «Uj-1106» сбрасывали на безопасном удалении от субмарины глубинные бомбы. Транспорт посчитали уничтоженным, хотя конвой, на самом деле состоящий не из одной, а из четырех единиц: пароходов «Weissesee», «Hafnia», «Ramfoss» (бывший норвежский «Kronprins Olav», 1138 брт) и танкера «Kloveren», прибыл к месту назначения без потерь.

    Следующее патрулирование, которое проходило во второй половине октября в районе Порсангер-фьорда (позиция № 3) прошло так же безуспешно. Утром 25 октября в районе мыса Нордкин «Щ-404» слишком поздно обнаружила вражеский конвой, который был всего в 5 кбт от подлодки в тот момент, когда субмарина была в надводном положении. Противник так же заметил подводную лодку. Сторожевые корабли «V-5909», «V-6106» и «NM-21» загнали «Щ-404» под воду открыв пулеметный огонь, а затем сбросили на нее 55 глубинных бомб, к счастью, не нанеся субмарине повреждений. Прибыв в Полярное вечером 29 октября, «Щ-404» встала на навигационный ремонт; к концу ноября подлодка была снова готова к ведению боевых действий.

    Последнее в 1942 году патрулирование «Щ-404» проходило в районе Порсангер-фьорда (позиция № 3). Вечером 30 октября подводная лодка покинула Полярное, и к исходу 1 декабря заняла назначенный район. 4 декабря у входа в пролив Магрё-сунд субмарина дважды, в ранние часы и днем, выходила в атаки по вражеским конвоям, но так как торпеды выпускались с большой дистанции (20 и 17 кбт), противник даже не заметил угрозы из под воды. Дальнейшее патрулирование так же было безуспешным. Несмотря на то, что «Щ-404» имела контакты с кораблями противника, проведению атак мешали большие курсовые углы цели или плохая видимость.

    Кампанию 1943 года «Щ-404» открыла патрулированием района позиции № 3 во второй половине января. Несмотря на то, что подводники доложили о двух уничтоженных транспортах, субмарина вновь не добилась успеха. Вечером 17 января «Щ-404» в условиях плохой видимости выпустила с дистанции 7-10 кбт четыре торпеды по крупному судну, по оценке командира подлодки в 10000 тонн. Результат не наблюдался, но через две с половиной минуты после пуска на субмарине отметили два взрыва. Германские корабли, сопровождавшие транспорт «Rotenfels» (7584 брт) и танкер «Inger Johanne» (1202 брт) не заметили атаки.

    Днем 20 января «Щ-404» из-за тумана упустила возможность уничтожить минный заградитель «Skagerrak», который спустя несколько часов северо-западнее мыса Нордкин выставил первые 130 мин заграждения «NW-10». Подлодка попыталась доложить об обнаруженном конвое по радио, но была обнаружена и атакована одним из кораблей, который сбросил на безопасном удалении от субмарины несколько глубинных бомб.

    Вечером 22 января западнее мыса Нордкин целью торпед «Щ-404» снова стал крупный транспорт, оцененный в 14000 тонн. Как и в прошлый раз, залп производился с большой дистанции (10-12 кбт). Через минуту на подлодке было отмечено два взрыва, а при осмотре горизонта в перископ наблюдалось тонущее судно. Немецкий конвой, состоящий из транспортов «Schwaben» (7773 брт), «Mulheim-Ruhr» (5350 брт), «Bahia» (4117 брт) и «Schillinghorn» (2973 брт) наблюдал след одной из выпущенных подлодкой торпед, и продолжил движение, не понеся потерь. В ответ сторожевик «V-5910» чтобы отогнать подводную лодку сбросил серию из пяти глубинных бомб. На этом противолодочные мероприятия немцев завершились.

    В конце февраля – первой половине марта «Щ-404» еще раз выходила в район Порсангер-фьорда, но в этот раз патрулирование подлодки завершилось без торпедных залпов. Вернувшуюся в Полярное утром 11 марта субмарину ждали изменения. Командир «Щ-404» В.А. Иванов был назначен командиром 3-го дивизиона вместо ушедшего на бригаду И.А. Колышкина, а подлодку принял капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга) Макаренков Григорий Филиппович, до этого бывший помощником командира «Щ-402». Тем временем на субмарине завершили начатые еще в ноябре 1942 года работы по монтажу гидролокатора «Дракон-129» (по другим данным он был окончательно установлен в июле – августе 1943).

    В первый поход с новым командиром «Щ-404» вышла вечером 18 апреля. Подлодке предстояло действовать на самой восточной части вражеских коммуникаций, позиции № 6 в Варангер-фьорде. Уже утром следующего дня в условиях плохой видимости субмарина вышла на конвой, но при занятии позиции для атаки она была обнаружена сопровождавшими суда охотниками «Uj-1104», «Uj-1103» и «Uj-1111». Противолодочные корабли начали преследование, за 8,5 часов сбросив на субмарину 174 глубинных бомбы. «Щ-404» сумела оторваться от противника, но в результате близких разрывов на подлодке получили повреждения механизм подъема командирского перископа, электрическое управление горизонтальными рулями, турбонасос трюмной помпы, магнитный компас, крышка нижнего рубочного люка. Кроме того, в надстройке и ограждении рубки образовались трещины, а через пять заклепок прочного корпуса внутрь подлодки начала поступать вода. Субмарина отошла в бухту Пумманки, где до вечера 20 апреля зализывала раны, устраняя повреждения. В ходе дальнейшего патрулирования бухта неоднократно использовалась подлодкой, которая в ночные часы проводила там зарядку аккумуляторов.

    Днем 25 апреля «Щ-404» атаковала пару тральщиков, и через две минуты после торпедного залпа, который производился с дистанции 13 кбт, зафиксировала два взрыва торпед, а затем на безопасно удалении разрывы девяти глубинных бомб. На этот раз безуспешной атаке подвергся сторожевой корабль «NKi-09» с моторным тральщиком «R-63» на буксире.

    Прибыв в Полярное утром 4 мая, подлодка вскоре встала на текущий ремонт, в ходе которого на корабль был установлен счетно-решающий прибор «Топедодиректор», в начале сентября «Щ-404» снова вступила в строй. Пока на корабле шли ремонтные работы 24 июля 1944 года Указом Президиума Верховного Совета СССР подводная лодка «Щ-404» была награждена орденом Красного Знамени.

    В первый боевой поход в новом качестве субмарина отправилась вечером 11 сентября. Ей снова предстояло действовать в знакомом по прежнему патрулю Варангер-фьорде. Все время нахождения на позиции подводная лодка активно использовала гидролокатор, с помощью которого форсировала минные заграждения (правда, при этом подлодка несколько раз касалась минрепов, но взрывов, к счастью, не последовало) и провела две бесперископные атаки, пользуясь только акустическими пелангами. Днем 14 сентября у мыса Кибергнес четыре торпеды (две из них с неконтактным взрывателем) были выпущены по сопровождаемому транспорту в 8000 тонн. Залп производился с глубины 15 м; дистанция до цели составляла 10 кбт. Немцы отметили след трех торпед, взорвавшихся на берегу, но не преследовали подлодку. Вторая атака состоялась днем 20 сентября по конвою из двух транспортов в сопровождении нескольких противолодочных кораблей. Целью было выбрано судно порядка 6000 тонн, по которому подлодка произвела залп из трех торпед с глубины 22 м. Вскоре на подлодке зафиксировали два взрыва, но третья торпеда застряла в торпедном аппарате, на 2/3 высунувшись из него и отработав в таком положении. К счастью, противник не контратаковал, из-за плохой видимости не заметив угрозы. Подлодка отошла в бухту Цып-Наволок, где разоружив торпеду, направилась в базу.

    Свою боевую карьеру «Щ-404» завершила в первой половине ноября походом в район Нордкап – Тана-фьорд (позиция № 6). Несмотря на то, что подлодка вела активный поиск противника, неоднократные попытки с помощью данных авиаразведки выйти на перехват вражеских конвоев, завершились неудачно. Прибыв в базу, «Щ-404» начала средний ремонт, на проведение которого не было ни сил, ни средств. Работы на корабле длились до конца 1944 года. Тем временем на подлодке сменился командир. Вместо принявшего в июне 1944 года новую «С-19» Макаренкова командиром «Щ-404» назначен капитан 3 ранга Голев Сергей Александрович (до этого командир строящейся «М-214» XV серии, до августа 1943 помощник командира ПЛ «К-1»). 18 апреля 1945 года «Щ-404» окончательно вступила в строй. 15 июня 1945 года подлодка приняла участие в параде Победы кораблей СФ, она была единственной североморской «шукой» пережившей войну.

    Летом 1948 года «Щ-404» переведена на Балтику. 26 июня она вошла в отряд судов Краснознаменного Учебного отряда подводного плавания им. Кирова для использования в учебных целях. 12 января 1949 года корабль отнесен к подклассу учебных подводных лодок. 9 июня 1949 года субмарина получила обозначение «С-404». 17 августа 1953 года корабль выведен из боевого состава, разоружен и переоборудован в учебно-тренировочную станцию с получением 15 сентября 1953 года обозначения «КБП-35» и поставлен на прикол в Кронштадте. 20 июня 1956 года исключена из списков ВМФ и 17 августа 1956 года расформирована. Впоследствии разделана на металл на Ленинградской базе «Главвторчермета» на Туруханских островах.