Заложена 23 июля 1934 года на заводе № 194 (им. Марти) в Ленинграде под стапельным номером 295. 24 сентября 1935 года подводная лодка спущена на воду, и 1 ноября 1936 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота. В апреле 1936 года корабль предполагалось назвать «Волк». (В годы I Мировой войны подводная лодка «Волк» (типа «Барс») под командованием старшего лейтенанта И.В. Мессера 1-го одержала 4 победы, суммарный тоннаж потопленных судов составляет 9.629 брт).
    В феврале 1938 года командиром «Щ-317» назначен старший лейтенант (затем капитан-лейтенант, капитан 3 ранга) Андронов Алексей Герасимович. Под его формальным началом подводная лодка приняла участие в советско-финляндской войне, но из-за болезни командира фактически кораблем командовал командир 17-го дивизиона ПЛ, (куда входила и «Щ-317»), капитан 3 ранга Егоров В.А. Еще днем 29 ноября 1939 года подводная лодка вышла в район южнее острова Утё (позиция № 6) и уже утром следующего дня была в указанном месте. За все время патрулирования «Щ-317» не встретила ни одного судна, так как позиция располагалась в стороне от маршрутов, использовавшихся финскими судами. К тому же организация связи оставляла желать лучшего: на каждую радиограмму необходимо было передавать квитанцию. Только в течение первой ночи нахождения на позиции «Щ-317» выходила в эфир 14 раз. Вечером 3 декабря при всплытии в условиях шторма подводная лодка получила большой крен, в результате чего из баков в значительном количестве расплескался электролит, и аккумуляторная батарея вышла из строя. Спустя сутки получил повреждения левый главный электромотор. «Щ-317» вынуждена была вернуться в Таллин, куда она прибыла 5 декабря, сразу встав на ремонт.
    19 декабря подводная лодка снова вышла в море. На этот раз «Щ-317» предстояло, форсировав Южный Кваркен, занять район у порта Раума в Ботническом заливе (позиция № 13). При форсировании пролива днем 21 декабря подводная лодка села на мель, обнажив над водой рубку. Командир, отдраив люк рубки, осмотрелся. Определив свое точное место (3 кбт юго-западнее маяка Маркет), лодка самостоятельно снялась с камней и продолжила движение. «Щ-317» еще дважды садилась на камни, но благополучно вышла из пролива не получив повреждений. Проведя 14 суток на позиции, подводная лодка не обнаружила ни одного транспорта. Для определения своего точного места 28 декабря «Щ-317» подходила к шведскому берегу в районе маяков Агэ, Больсэ и Финнтрундет, где в пределах территориальных вод Швеции наблюдала движение одиночных судов. 3 января в связи с израсходованием топлива и существенным ухудшением погодных условий «Щ-317» была отозвана в базу. При возвращении утром 5 января подводная лодка обнаружила конвой под эскортом шведских миноносцев. «Щ-317» начала выход в атаку, но выскочила на камни, и от пуска торпед пришлось отказаться. Вечером 8 января 1940 года «Щ-317» ошвартовалась в Таллине.
    22 июня 1941 года «Щ-317» встретила под командованием капитана 3 ранга Андронова Алексея Герасимовича в составе 7-го дивизиона 2-й бригады ПЛ в Таллине на среднем ремонте.
    В первый боевой поход (27 сентября – 16 октября 1941) подводная лодка патрулировала район между островами Малый и Большой Тютерс (позиция № 5) на случай прорыва крупных немецких кораблей к Кронштадту. Встреч с противником не было, и «Щ-317» благополучно вернулась в базу.
    Вечером 2 ноября «Щ-317» вышла на позицию в районе острова Эланд, причем часть пути она должна была пройти в составе конвоя, следующего на Ханко. Утром 3 ноября субмарина самостоятельно прибыла к Гогланду и в ожидании конвоя легла на грунт. В 18.00 услышав шум винтов «Щ-317» начала всплытие, но по воздушному пузырю была обнаружена советским сторожевым катером и атакована им. От разрывов глубинных бомб лодка получила повреждения, а, всплыв, была обстреляна артиллерией (всего по «Щ-317» было выпущено 15 45-мм снарядов). Только после подачи опознавательных сигналов малый охотник прекратил огонь. Но этого уже было достаточно. Один из снарядов, пробив прочный корпус в районе 28-29 шпангоутов, образовал пробоину в 1,5 м выше ватерлинии. На подводной лодке возникло возгорание во II отсеке, повреждена запасная торпеда. Кроме того, из-за возникшего замыкания в цепи освещения выключились батарейные автоматы. На лодке погас свет, и при входе в бухту Суркюля дизелисты, перепутав задний ход с передним, посадили лодку на камни. «Щ-317» получила дополнительные повреждения подводной части корпуса. К счастью, потерь среди экипажа субмарины не было. В итоге «Щ-317» 6 ноября вернулась в Кронштадт и встала на ремонт, который в условиях блокадного города продлился до начала 1942 года.
    24 января 1942 года командиром лодки назначен капитан-лейтенант Мохов Николай Константинович, до этого командовавший расформированным 9-м дивизионом «малюток» учебной бригады ПЛ КБФ. А.Г.Андронов принял еще официально не введенную в строй флота «К-51».
У кормового орудия «Щ-317». Слева направо: командир отделения комендоров старшина 2 статьи Горбачев Павел Алексеевич, командир БЧ-2-3 инженер-капитан 3 ранга Новиков Георгий Георгиевич и старшие краснофлотцы старший моторист Глушко Александр Константинович и торпедист Разин Михаил Алексеевич. Весна 1942 г. Фото Янова Н.П.
Боцман «Щ-317» главный старшина М.М. Николаев и военком старший политрук Г.Л. Незамай, весна 1942 г.
    Всю блокадную зиму 1941-1942 года лодка провела в Ленинграде, а 9 июня 1942 года вышла в свой последний боевой поход. Так как новый командир не имел опыта плавания на «щуках», на борту «Щ-317» находился командир 4-го дивизиона ПЛ капитан 2 ранга В.А. Егоров. Вечером 11 июня подводная лодка вышла с Лавенсари для следования в район Карлскроны (позиция № 2). 16 июня субмарина донесла о форсировании Финского залива и только 10 июля вышла на связь с докладом об уничтожении пяти транспортов противника общим водоизмещением 46.000 тонн и израсходовании боезапаса. Подводной лодке было дано «добро» на возвращение, однако, в назначенный срок лодка не вернулась.
    Долгое время о судьбе подлодки было ничего не известно, пока летом 2017 года хорошо сохранившийся корпус субмарины не был найден на дне в ходе работ экспедиции «Поклон кораблям Великой Победы»; 2 мая 2018 года он был обследован и идентифицирован. «Щ-317» погибла на линии мин заграждения «Зееигель-3» немного не дойдя до своих берегов. Вероятно, подлодка подвсплыла, намереваясь определить свое место по островам Большой Тютерс и Гогланд и наткнулась на антенну мины «EMC». В результате взрыва, который произошел над субмариной, подлодка провалилась на глубину 78 м, упав на грунт носом вперед. Глубина не позволила ни эффективно вести борьбу за живучесть корабля, ни покинуть подлодку пережившим взрыв членам экипажа. Корпус «Щ-317» стал братской могилой для 41 моряка.
    По данным отчета экспедиции подводная лодка лежит на дне практически на ровном киле, с небольшим креном на нос, курсом 80° в сторону острова Мощный (Лавенсари). Носовая часть погружена в ил; носовые горизонтальные рули осмотру не доступны; пробоина скрыта. Корма в иле по рули глубины, но винто-рулевая группа лодки частично доступна для осмотра. Кормовые горизонтальные рули и руль направления находятся в положении «ноль». Командирский перископ приподнят на метр и его линза развернута в сторону острова Большой Тютерс; аварийные буи на лодке отсутствуют, их места заварены, аварийные люки закрыты.
«Щ-317» на дне.
Мемориальная табличка и грунт с места гибели «Щ-317».
Фото Разведывательно-водолазная команда.
3D модель «Щ-317».
    Только после окончания войны достоверность успеха «Щ-317» была подтверждена.
    16 июня в 8 милях юго-западнее острова Богшер подлодкой был потоплен финский транспорт «Арго» в 2.513 брт следовавшее из Любека в Турку с грузом калийной соли. 14 членов экипажа «Арго» сумели покинуть тонущее судно и вскоре были подобраны шведским пароходом «Улла», который при проведении спасательных работ сам был атакован. 9 моряков с «Арго» погибли. 18 июня западнее острова Готска-Санде торпедой «Щ-317» поврежден датский транспорт «Орион» в 2.405 брт, шедший в балласте из Копенгагена в Лулео. Два человека пропали без вести при взрыве. Остальные были сняты шведской моторной шхуной «Вирго» и доставлены на берег. На переходе от полученных ран скончался еще один из членов экипажа «Ориона». Сам транспорт шведы спасли и отбуксировали в Висбю, где при осмотре судна найдены фрагменты торпеды с маркировкой на русском языке. 22 июня в 3-4 милях от Нора Мёклебю (восточное побережье Эланда) пошло на дно шведское судно «Ада Гортон» в 2.399 брт с грузом железной руды для Германии. Пароход ушел под воду в течение минуты. 14 членов команды, в том числе и капитан судна, погибли. Восьмерым морякам удалось продержаться на воде, пока их не подобрали рыбаки. Дальнейшие действия «Щ-317» в разных источниках трактуются неоднозначно. В некоторых из них указывается атака 25 июня в районе Карлскроны, в результате чего потоплен немецкий транспорт «Рейн» (2.600 брт). В действительности это судно, (бывшее бельгийское «Люссак»), потоплено 6 августа 1944 года у французского Сен-Мало. 1 июля в районе Ландсорт – Херадшер подводной лодкой атакован шведский транспорт «Галеон» в 1.206 брт. Торпеда взорвалась в прибрежных скалах, а сопровождавший судно эсминец «Эреншельд» контратаковал субмарину, заставив ее отказаться от повторной атаки. Через два дня место атаки было обследовано водолазами и на поверхность подняты части советской торпеды, которые сейчас являются экспонатом одного из морских музеев Швеции (по информации авторов их, как минимум, три – в Стокгольме, Гётеборге и Карлскроне). 4 июля у мыса Смигехюк «Щ-317» атакует шведский парусно-моторный галеас «Фортуна», но из-за малой осадки судна торпеда в цель не попала. Через два дня шведский эсминец «Норденшельд» в двух милях юго-восточнее маяка Хегбю атаковал неизвестную подводную лодку. Позже береговая станция Хегбю наблюдала в этом месте пятна соляра, говорившие о том, что субмарина, вероятно, получила повреждения. Заключительным аккордом похода «Щ-317» стала атака 8 июля к северу от острова Борнхольм. Очевидно, последней торпедой на дно отправлен германский транспорт «Отто Кордс» (966 брт).
Суда, потопленные «Щ-317» 16, 22 июня и 8 июля 1942 года - «Argo», «Ada Gorton» и «Otto Cords».
Заявление ТАСС, официально опровергающее сообщение шведских газет об атаке шведсих судов советской подлодкой. Газета «Красная Звезда» от 11 июля 1942 года.
    По итогам боевого похода экипаж «Щ-317» был отмечен правительственными наградами. Награждением обошли только обеспечивающего командира дивизиона (посмертно награжден орденом Ленина только в 1991 году), про которого, вероятно, забыли.
В советско-финляндскую войну 2 боевых похода.
30.11.1939 – 05.12.1939
19.12.1939 – 08.01.1940
В Великую Отечественную войну 2 боевых похода
27.09.1941 – 16.10.1941
09.06.1942 – +
Потоплено 3 транспорта (5.878 брт), 1 транспорт (2.405 брт) поврежден. По официальным данным советской стороны на счету «Щ-317» пять уничтоженных судов общим водоизмещением в 10.997 брт.
16.06.1942 ТР «Argo» (2.513 брт).
18.06.1942 ТР «Orion» (2405 брт) – поврежден.
22.06.1942 ТР «Ada Gorthon» (2.399 брт).
08.07.1942 ТР «Otto Cords» (966 брт).