Заложена 4 декабря 1934 года под стапельным номером 1037 на заводе № 200 в Николаеве. 13 апреля 1937 года подводная лодка спущена на воду, 31 октября 1938 года вступила в строй и 15 декабря 1938 года под командованием Ларичева Дмитрия Титовичач вошла в состав Черноморского флота.

    22 июня 1941 года «Щ-213» встретила под командованием старшего лейтенанта Денежко Дмитрия Митрофановича (командовал кораблем с июля 1939 года) в составе 4-го дивизиона 1-й бригады подводных лодок, в Севастополе. За девять дней до начала войны подводная лодка вернулась из дозора в районе мыса Сарыч, но в момент нападения Германии на СССР субмарина в разоруженном состоянии готовилась к переходу в Николаев для ремонта. Начавшаяся война не изменила этих планов. 4 июля подводная лодка прибыла в Николаев, где начала ремонтные работы, которые завершились лишь 10 августа, за пять дней до того, как советские войска оставили город. Прибыв в Севастополь «Щ-213» в начале сентября вступила в строй и вскоре вышла в первый боевой поход к мысу Эмине (позиция № 13), который, как и следующие два патрулирования у Варны (позиция № 21) и в районе мыса Олинька (позиция № 26) не принесли результатов. Несколько раз субмарина обнаруживала потенциальные цели, но каждый раз оказывалась в невыгодной для атаки позиции. Третье патрулирование оказалось особенно трудным. Плохая видимость и шторм вынудили подводную лодку держаться вдали от берега. За это время «Щ-213» имела 36 случаев касания минрепов плавающих мин, буйрепов, либо рыбацких сетей. Утром 31 декабря «Щ-213» повезло – две мины взорвались за кормой корабля, не причинив подводной лодке повреждений.

    Боевой счет субмарины был открыт только в четвертом боевом походе, когда «Щ-213» патрулировала район Босфора (позиция № 38). Вечером 23 февраля 1942 года в районе мыса Кара-бурну в точке 41 24,5' с.ш./28 54,6' в.д. подводная лодка неудачно атаковала одной торпедой турецкую шхуну «Чанкая» (164 брт), шедшую без символов национальной принадлежности. По разным данным судно имело на борту груз хромовой руды или 200 тонн металлических труб и кирпича и направлялось либо из Бургаса в Стамбул, либо из Стамбула в Варну. Увидев, что торпеда сошла с курса, командир подводной лодки приказал задействовать артиллерию. За 29 минут «Щ-213» выпустила по шхуне 55 45-мм снарядов, после чего судно затонуло. Через 12 часов (время атаки 10.45 московского) в точке 41 22,5 с.ш./29 13,0 в.д. подводная лодка с дистанции 6 кбт одной торпедой атаковала одиночно идущее судно. Через минуту после того как торпеда покинула подводную лодку на «Щ-213» зафиксирован взрыв, а в перископ наблюдалась гибель транспорта. Вероятно, в этот день подводной лодкой потоплено болгарское судно «Струма» (257 брт), погибшее в результате внутреннего взрыва около 9 часов утра 24 февраля. На его борту находились 768 румынских евреев-эмигрантов и 10 членов экипажа, из которых выжить повезло всего лишь одному. По поводу объекта этой атаки существует достаточное количество белых пятен. По наблюдениям командира субмарины судно в 7000 тонн под болгарским флагом шло 3-х узловым ходом. По данным Ю. Ровера судно в момент атаки хода не имело. В этом случае торпеда, выпущенная с углом упреждения 13,5, непременно должна была пройти в 1,5 кбт по носу цели. «Струма» в момент гибели несла не болгарский, а панамский флаг, к тому же бросается в глаза сильная разница между реальным водоизмещением судна и его оценкой командиром субмарины. Возможно, «Щ-213» атаковала другое судно, а «Струма» погибла на одной из плавающих мин, наличие которых было замечено тогда в этом районе.

    (В августе 2000 года у входа в Босфор работала международная подводная экспедиция, организованая Грегом Бакстоном, дед и бабка которого погибли при катастрофе «Стурма». 26 августа на 90-метровой глубине в точке с координатами 41 22,45 с.ш./ 29 15,81 в.д. британские аквалангисты Дэвид Уилкинс и Гернет Фолкс-Джонс обнаружили подводную лодку «Морж», пропавшую без вести в апреле – мае 1917 года).

    Дальнейшее патрулирование позиции прошло безрезультатно, увеличить счет не удалось. Подводная лодка дважды выходила в торпедную атаку. Вечером 2 марта «Щ-213» выпустила одну торпеду по одиночному транспорту, но взрыва не последовало. Пароход «Адана» (1158 брт) все-таки получил попадание, в результате скользящего удара торпеды на корпусе судна образовался полуметровый след. Днем 3 марта атака сорвалась. Так как выпущенная торпеда затонула сразу же после выстрела по одиночному судну. 11 марта «Щ-213» прибыла в Туапсе и встала на навигационный ремонт. За это время Туапсе подвергся ряду налетов авиации противника. В ходе одного из них 23 марта погиб командир «Щ-213» Денежко погиб. Вместо него 16 мая на его место назначен капитан-лейтенант Исаев Николай Васильевич, ранее командовавший тихоокеанской «Щ-120».

    7 июня субмарина вышла в район мыса Куру-бурну (позиция № 37), а с 15 июня патрулировала район Босфора (позиция № 38). За время боевого похода подводная лодка кораблей и судов противника не обнаружила, зато сама неоднократно была объектом атаки для вражеских самолетов. Прибыв в базу, подводная лодка сразу привлекается к снабжению Севастополя. Приняв на борт в Новороссийске 26 тонн боеприпасов, 4 тонны продовольствия и 27 тонн бензина подводная лодка вечером 29 июня направилась в осажденную крепость. Доставить груз не удалось. Вражеская блокада оказалась достаточно плотной. Утром 1 июля «Щ-213» прибыла к подходной точке фарватера № 3, но из-за отсутствия навигационного оборудования фарватера, противодействия сил ПЛО и авиации противника (на подводной лодке зафиксировано 355 близких и 930 отдаленных взрывов) подойти к берегу не смогла. Тем временем наступил кризис обороны города. Вечером 3 июля «Щ-213», выбросив груз в море, направилась в Батуми, куда прибыла днем 7 июля. К концу сентября подводная лодка, проведя текущий ремонт и докование, вступила в строй.

    В свой последний поход с задачей патрулирования района Портицкого гирла (позиция № 45) «Щ-213» вышла в ночь на 28 сентября 1942 года. По плану, вечером 14 октября подводная лодка должна была выйти на связь и доложить о возвращении, но этого не сделала.

    До последнего времени существовала версия К. Стрельбицкого, что условный сигнал «Круг» о прохождении подводной лодкой меридиана 31 30 с.ш. якобы все-таки был получен, поэтому «Щ-213» погибла по неизвестной причине уже по пути в базу. Кроме того, долгое время считалось, что одной из возможных причин гибели субмарины стала контратака ПЛО противника, когда 14 октября сигнальщики германского большого охотника «Uj-116» («Ксантен») в 5,5 милях восточнее Портицкого гирла в точке 44 39 с.ш./29 05 в.д. обнаружили торпедный след. Торпеда прошла в 10 метрах за кормой противолодочного корабля, а он в свою очередь произвел бомбометание (сброшено 49 глубинных бомб), после чего наблюдал признаки, свидетельствующие о гибели подводной лодки.

    Летом 2008 года на 30-метровой глубине в 10 километрах от Констанцы совместной румынско-голландской экспедицией был обнаружен остов погибшей советской субмарины, который, по свидетельству участника погружений Гарри Беккера, был покрыт илом, рыболовными сетями и зарос ракушками. Корпус подлодки с минными повреждениями кормовой оконечности и ограждения рубки, по ряду косвенных признаков (наличию двух гермонактоузов на планке между перископными тумбами), в 2010 году идентифицирован как «Щ-213».

    Подводная лодка погибла на мине в восточной части заграждения «S-7», выставленного севернее Констанцы румынскими минзагами «Regele Carol I» и «Amiral Murgescu» 15 июня 1941 года, на ней погибло 43 моряка.
.