Заложена 18 ноября 1934 года под стапельным номером 1036 на заводе № 200 в Николаеве. 29 декабря 1936 года подводная лодка спущена на воду, 31 октября 1938 года вступила в строй и 15 декабря 1938 года под командованием Израйлевича Иосифа Семеновича вошла в состав Черноморского флота.

    22 июня 1941 года «Щ-212» встретила под командованием капитан-лейтенанта (впоследствии капитана 3 ранга) Бурнашева Ибрагима Касьяновича в составе 4-го дивизиона 1-й бригады ПЛ находясь в текущем ремонте в Севастополе. В начале июля субмарина вступила в строй. В августе – сентябре 1941 года подводная лодка привлекается к несению дозора у мыса Сарыч (позиция № 2) и в районе юго-западнее мыса Тарханкут (позиция № 1), но встреч с кораблями противника не имела. Первый же выход на коммуникации противника чуть не стал для «Щ-212» последним. Вечером 17 октября она вышла в район Варны (позиция № 21). В 17.05. 25 октября в 3,2 милях юго-западнее мыса Калиакра при покладке на грунт в носовой части подводной лодки прогремел взрыв. Субмарине повезло, так как детонация боевого заряда мины «UMA» румынского заграждения «S-13» было вызвано не касанием корпуса, а прикосновением мины к кронштейну минного охранителя «Краб», который в момент взрыва был выключен. На подводной лодке получили повреждения носовые горизонтальные рули, обшивка цистерн главного балласта правого борта и носовые торпедные аппараты, в прочном корпусе возникли деформации, нарушилась герметичность 15 аккумуляторных баков. Получив столь значительные повреждения «Щ-212» направилась в Севастополь, куда прибыла 27 октября в сопровождении эсминца «Бойкий». Подводная лодка встала на аварийный ремонт, который проводился сначала в Туапсе, затем в Поти. Только 26 мая 1942 года «Щ-212» вновь вступила в строй.

    С середины июня субмарина привлекается к снабжению Севастополя. За два транспортных рейса субмарина доставила в осажденную крепость 54 тонны боеприпасов, 6 тонн продовольствия, 27 тонн бензина. На Кавказ было эвакуировано 117 человек, в основном раненых. Если первый транспортный рейс «Щ-212» прошел без особых приключений, то во втором подводной лодке пришлось убедиться в усилении вражеской блокады. Днем 23 июня «Щ-212» пришлось артиллерией отбивать атаку вражеского торпедного катера, а вечером 26, когда субмарина возвращалась на Кавказ, она подверглась 2,5 часовому преследованию сторожевых катеров. Утром 27 июня подводную лодку атаковали самолеты, сбросившие 19 авиабомб.

    В третьем транспортном рейсе подводной лодке не удалось выполнить поставленную задачу. В ночь на 2 июля «Щ-212» прибыла в подходную точку севастопольского фарватера № 3. Здесь она находилась почти трое суток, но отсутствие навигационных ориентиров, и постоянный обстрел и бомбардировки не позволили доставить в город 28 тонн боеприпасов, 2,5 тонны продовольствия и 30 тонн бензина. Впрочем, к этому моменту организованное сопротивление защитников Севастополя было сломлено. Вечером 4 июля, выбросив груз в море, «Щ-212» начала возвращение в Туапсе.

    Следующие два похода «Щ-212» прошли у мыса Куру-бурну (позиция № 37) и в районе Босфора (позиция № 46). Подводная лодка держалась в достаточном удалении от берега, к тому же ее действия серьезно осложнялись плохим состоянием аккумуляторной батареи. В сентябрьском походе, когда субмарина действовала у Босфора, из-за ошибки штурмана она вообще находилась в 10 – 20 милях восточнее указанного района. В результате командование предпочло сменить командира субмарины. 23 октября командиром «Щ-212» назначен капитан-лейтенант Кукуй Григорий Аронович, ранее командовавший «А-5», которая в этот момент находилась в аварийном ремонте в результате подрыва на мине 25 июля 1942 года. Капитан 3 ранга Бурнашев был назначен командиром на плавбазу «Эльбрус».

    2 декабря «Щ-212» с новым командиром направилась в район мыс Олинька – Портицкое гирло (позиция № 44 – 45). Обеспечивать поход в море вышел командир 2-го дивизиона ПЛ капитан 2 ранга Г.Ю. Кузьмин. 11 декабря «Щ-212» дала квитанцию о получении приказа отойти к Тендровской косе, так как в районе действия субмарины планировалась набеговая операция базовых тральщиков «Т-406» («Искатель»), «Т-407» («Мина»), «Т-408» («Якорь») и «Т-412» под обеспечением эсминца «Сообразительный». Это было последнее известие о «Щ-212». Больше подводная лодка на связь не выходила и в базу не вернулась. По данным радиоперехвата противника, командование сделало вывод, что субмарина погибла в результате атаки вражеской авиации при возвращении в базу 19 декабря к северу от мыса Синоп. Эта версия о гибели «Щ-212» часто встречается и сейчас.

    В 1975 году в 5 милях юго-западнее острова Змеиный в точке 45°10,38' с.ш./ 30°08,26' в.д. (по другим данным 45°10,92' с.ш./ 30°08,7' в.д.), где румынские минные заградители «Мурджеску» и «Дакия» 29 октября 1942 года выставили минное заграждение «S-44», при проведении плановых гидрографических работ на глубине 26 метров был обнаружен остов подводной лодки типа «Щ» X серии. Вероятнее всего, здесь и нашла свой покой «Щ-212» и 42 члена ее экипажа. В мае 1976 года аквалангистами клуба «Садко» из Николаева и аварийно-спасательной службой Черноморского флота объект был обследован. Выяснилось, что в результате внешнего воздействия на подводной лодке сдетонировали запасные торпеды – оторванная носовая оконечность субмарины находится рядом с кораблем. В ходе контрольного траления обследуемого района были обнаружены и подорваны на месте два боевых зарядных отделения торпед, выброшенных в море при взрыве, а так же донная неконтактная мина немецкого образца. В дальнейшем, силами аварийно-спасательной службы флота подводную лодку предполагалось поднять и детально обследовать, но этот план так и не был осуществлен, а аквалангистам «Садко» было «не рекомендовано» проводить обследование самостоятельно.

    45-мм орудие с субмарины (заводской номер, предположительно «В 602-39», «№ 1602-39» или «№ 21 – 1939»), снятое во время водолазного осмотра в августе 1976 года было установлено в Севастополе на экспозиции диорамы «Штурм Сапун-горы».