Заложена под стапельным номером 1035 в Николаеве на заводе № 200 (им. 61 коммунара) 3 сентября 1934 года. 3 сентября 1936 года лодка спущена на воду и 5 мая 1938 года, подняв Военно-Морской флаг, вошла в состав Черноморского флота.

    22 июня 1941 года корабль встретил под командованием старшего лейтенанта (впоследствии капитан-лейтенанта) Девятко Александра Даниловича в составе 4-го дивизиона 1-й бригады ПЛ ЧФ в Севастополе. Несмотря на то, что накануне начала войны субмарина завершила текущий ремонт и числилась во второй линии, ее экипаж считался наиболее подготовленным.

    Уже 6 июля 1941 года «Щ-211» вышла в свой первый боевой поход к мысу Эмине (позиция № 5), но кораблей и судов противника встречено не было. Успех подводной лодке принес второй выход в море. 5 августа она направилась к мысу Эмине (позиция № 13). На борту субмарины в качестве обеспечивающего находился командир 4-го дивизиона ПЛ ЧФ капитан 3 ранга Б.А. Успенский. 11 августа севернее мыса Карабурун у устья реки Камчия подводная лодка скрытно высадила группу болгарских коммунистов во главе с Цвятко Радойновым. Затем «Щ-211» переместилась к мысу Эмине, где 15 августа двумя торпедами атаковала судно из состава конвоя сопровождавшегося болгарскими миноносцами. Через 30 секунд после пуска торпед на подводной лодке зафиксирован взрыв, а еще спустя полчаса командир субмарины в перископ наблюдал транспорт, выбросившийся на мель в точке 42°45,06' с.ш./27°55,38' в.д. Объектом атаки «Щ-211» стал конвой, состоящий из румынских пароходов «Сучава» (5695 брт) и «Пелес» (5.708 брт). Последний, шедший в балласте, получил торпеду и, несмотря на то, что пытался дотянуть до берега, в итоге был потерян. Это была первая победа черноморских подводников.

    На следующий день в районе мыса Кацан «Щ-211» атаковала конвой состоящий из румынского транспорта «Ардеал» и болгарского «Царь Фердинанд» под охраной миноносца. Единственная выпущенная торпеда прошла мимо цели, а сопровождавший конвой миноносец и подлетевшие болгарские самолеты начали преследование субмарины, которое, впрочем, так же закончилось безрезультатно.

    24 августа «Щ-211» благополучно вернулась в Севастополь, где прошла навигационный ремонт и докование. Утром 21 сентября «Щ-211» вновь направилась к мысу Эмине (позиция № 13). В этот же день из Констанцы вышел конвой в составе итальянских танкеров «Суперга» и «Тампико». Так как на переходе конвой был атакован советскими субмаринами, (торпеды выпустили «Д-5» и «М-34»), для усиления эскорта он был вынужден зайти в Варну, где охрану танкеров пополнили корабли болгарского флота. Усиление не помогло. Утром 29 сентября в районе устья реки Камчия конвой был обнаружен и атакован «Щ-211». Первая атака сорвалась – из-за маневра корабля охранения «Щ-211» пришлось нырять на глубину. Вторично выйдя на боевой курс, подводная лодка выпустила одну торпеду по танкеру «Суперга» (6.154 брт) с грузом 1800 тонн бензина и 2350 тонн нефти. Так как дистанция выстрела составляла всего полтора кабельтова, сильный взрыв ощущался во всех отсеках субмарины. Болгарские сторожевики, охранявшие конвой, посчитали, что танкер подорвался на мине, поэтому «Щ-211» никто не бомбил. Спустя полчаса после атаки командир подводной лодки через перископ сфотографировал ее результат. Взрыв торпеды расколол танкер на две части. Так как одна часть судна осталась на плаву, на следующий день субмарина вернулась к месту боевого столкновения и выпустила по возвышающимся над водой остаткам танкера еще две торпеды (по некоторым данным они затонули лишь 2 октября).

    За уничтожение двух крупных транспортов противника командир «Щ-211» капитан-лейтенант Девятко награжден орденом Красного Знамени. Получить заслуженную награду отважному командиру не пришлось. Выйдя в следующий боевой поход в район Варны (позиция № 21) 14 ноября 1941 года, «Щ-211» пропала без вести. Вместе с субмариной в море навсегда остались 44 члена ее экипажа. В конце августа 1942 года на пляже у села Бяла был найден обезображенный труп советского моряка. При нем были документы на имя старшего лейтенанта Борисенко Павла Романовича – помощника командира «Щ-211». Можно полагать, что в момент гибели субмарины он был вахтенным командиром – при нем был обнаружен бинокль со сломанным окуляром.

    В сентябре 2000 года в 6 – 7 милях восточнее мыса Святого Атанаса (Акбурну) южнее Варны на глубине 26 – 27 метров болгарскими дайверами Динко Матвеевым и Владимиром Стефановым во время ловли рапанов был найден остов советской подводной лодки X серии. Сильно обросший ракушками корпус субмарины имеет множественные повреждения и сильно заилен, люки открыты. Часть корпуса – первый и фрагмент второго отсека оторваны, и находится на расстоянии 5 м от субмарины.

    В первой половине июля 2003 года специалистами Управления подводных аварийно-спасательных работ Черноморского флота России на спасательном судне «ЭПРОН» при участии ВМФ Болгарии субмарина была обследована на дне моря в точке 43°06,8' с.ш. /28°07,5' в.д. (болгарские данные: 42°53,650' N /28°03,511' E). В ходе работ на поверхность были поднят ряд предметов, которые сегодня являются частью экспозиции посвященной «Щ-211» в Музее Краснознаменного Черноморского флота в Севастополе. Музейными экспонатами стали так же 45-мм орудие и левый гребной винт подводной лодки. Согласно выводу специалистов аварийно-спасательной службы, возможно, подводная лодка погибла от детонации запасных торпед в носовом отсеке в результате взрыва авиабомбы, но ни немцы, ни румыны, ни болгары не докладывали об атаке советских подводных лодок в данном районе в это время.

    Вероятной причиной гибели субмарины можно назвать подрыв на мине румынского заграждения «S-18», выставленного минным заградителем «Дакия», либо атаку румынских или болгарских кораблей в период 17-30 ноября 1941 года.