Заложена 12 мая 1933 года на заводе № 189 (Балтийский завод) в Ленинграде под заводским номером 242. Секциями по железной дороге подводная лодка перевезена на Дальний Восток, где на заводе № 202 (Дальзавод) во Владивостоке производилась её сборка. В начале 1934 года «Щ-116» спущена на воду и 4 марта 1935 года вошла в состав Тихоокеанского флота.

    Осенью 1939 года под командованием Алексеева Бориса Андреевича «Щ-116» провела 30-суточное учебное плавание, в ходе которого 100 часов субмарина непрерывно пробыла под водой.

    9 августа 1945 года подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Петелина Александра Ивановича в составе 8-го дивизиона 3-й бригады ПЛ ТОФа в Советской Гавани. В боевых действиях корабль участия не принимал.

    10 июня 1949 года подводная лодка получила обозначение «С-116». 11 сентября 1954 года субмарина исключена из состава ВМФ СССР, 31 декабря 1954 года расформирована и сдана на слом.