Корабль заложен 20 марта 1932 года на заводе № 190 в Ленинграде под строительным номером 455 и обозначением «подводная лодка № 31». В 1932 году субмарина секциями по железной дороге перевезена на Дальний Восток, где на заводе № 202 (Дальзавод) во Владивостоке производилась её сборка. В августе 1933 года подводная лодка спущена на воду. 7 декабря 1933 года она получила обозначение «Щ-109». 18 апреля 1934 года корабль вступил в строй и на следующий день вошел в состав Морских сил Дальнего Востока.

---

Подводные лодки V серии у борта плавбазы «Саратов». 1934-1935 г.г.
Подводная лодка «Щ-109» вернулась во Владивосток после зимовки в залие Владимир, 1938 г.
Рубка подводной лодки V сериии.

---

    22 мая 1944 года из-за штурманской ошибки «Щ-109» села на мель в районе мыса Поворотный. В результате аварии субмарина получила серьезные повреждения, а ее командир Тюрин Н.И. был снят с должности.

    9 августа 1945 года «Щ-109» встретила под командованием капитан-лейтенанта Лукина Николая Григорьевича в составе 3-го отдельного дивизиона ПЛ ТОФ в Петропавловске-Камчатском, но в боевых действиях участия не принимала.

    10 июня 1949 года подводная лодка получила обозначение «С-109». 17 августа 1953 года она была выведена из боевого состава и переформирована в учебно-тренировочную станцию по борьбе за живучесть «СТЖ-18» (с 12 января 1957 года «УТС-63»). Окончательно исключена из списков и сдана на разборку в 1960-х годах.