Заложена 25 марта (по другим данным 14 апреля) 1927 года на заводе № 198 в Николаеве под строительным номером 29/194. 9 июня (по другим данным 20 ноября) 1931 года «Якобинец» вступил в строй. 12 июня 1931 года подводная лодка вошла в состав Морских сил Черного моря. Стоимость постройки корабля составила 2 млн. 470 тыс. рублей в ценах 1926-1927 года. Первым командиром «Якобинца» стал Н.А. Жимаринский.

    В 1934 году подводная лодка получила литерно-цифровое обозначение «Д-6», но прежнее наименование «Якобинец» продолжали употреблять как в повседневной жизни, так и в официальных документах. В 1935 году «Д-6» совершила длительное автономное плавание, за что орденом Ленина были награждены командир субмарины И.М. Нестеров, командир БЧ-5 Д.Г. Водяницкий, радист В.П.Сесин, боцман В.И.Корнеев, старшина трюмных П.С. Исаев, старшина группы торпедистов С.В. Лябах, секретарь парторганизации А.К. Бубнов.
    В октябре 1939 года подводная лодка вместе со своими систершипами посетила Стамбул.

    22 июня 1941 года «Д-6» встретила под командованием старшего лейтенанта Митрофанова Петра Васильевича в составе 2-го дивизиона 1-й бригады ПЛ ЧФ. Лодка находилась на капремонте на заводе № 201 в Севастополе. Ввод корабля в строй планировался на 1942 год.

    Вскоре после начала войны подводная лодка поставлена на консервацию. 12 ноября 1941 года при бомбардировке Морского завода в Севастополе «Д-6» вторично повреждена. В дальнейшем подводная лодка неоднократно получала повреждения в результате артобстрелов и авианалетов противника.

    При падении Севастополя 26-27 июня 1942 года во избежание захвата врагом подводная лодка взорвана.

    Весной 1945 года «Д-6» поднята Аварийно-спасательной службой ЧФ и сдана на слом.